正面
吴晗先生从40年代开始数易其稿的《朱元璋传》，在史学界乃至现实生活中都发生过重大影响;他提倡编辑出版的《中国历史小丛书》，在普及历史知识。进行爱国主义教育方面发挥了重要作用;他手录的《朝鲜李朝实录中的中国史料》，不仅留下了一部方便实用的研究资料，而且留下了严谨治学、刻苦钻研的学术研究之风。
负面
文化大革命结束后，中华人民共和国官方对吴晗的评价多为正面结论，但章诒和所著《往事并不如烟》(香港所发行的未删节版本)中，披露说在文化大革命之前，吴晗曾同康生一样，利用其职权，强行从中国大陆文物收藏家手中廉价收购珍贵文物。
1950年代吴晗极力主张挖掘明成祖长陵(后改为挖掘定陵)，也是为了满足他想研究明史及明朝皇帝的学术计划，从而抹煞了吴晗对明史研究的贡献。
吴晗主张拆除北京城墙和北京的古建筑，甚至更提出过改建故宫的构想。这也让他与以梁思成为代表的反对拆毁北京古建筑派发生激烈的交锋。
1984年，在吴晗诞辰75周年，清华大学决定在校园内近春园遗址内建造吴晗纪念亭，1984年8月31日，邓小平同志亲笔为纪念亭题写“晗亭”两个大字，1984年10月26日纪念亭落成。1984年10月27日，清华大学举行了“晗亭”落成典礼。邓小平同志亲笔题字制成匾额，高悬亭中。1986年4月27日，吴晗像在近春园“晗亭”北侧落成。为青色花岗岩质，像高2.8米，座上刻有吴晗生平事略。由中央美术学院教授张得蒂设计制作。
