马腾和董卓都来自西凉，但是代表的势力不同。
董卓代表东汉王朝，而马腾则代表了西凉地方势力。两者之间既有合作，也有对抗，取决于利益。历史记载显示，董卓在东汉末年平定西凉叛乱中发挥了重要作用，代表了东汉王朝的利益。相反，马腾经常起兵造反，如果东汉王朝能给予足够利益，他就会归顺于汉室。
公元185年，韩遂等叛军进攻三辅地区，东汉朝廷派遣董卓和皇甫嵩率军平叛。两年后，马腾加入东汉朝廷的军队，并被任命为偏将军，起初是和董卓站在同一阵线上。但在凉州刺史被刺杀后，马腾便与叛军首领韩遂、王国等人联合作乱，与董卓形成了对立。马腾和韩遂等人率领大军进攻陈仓等地，但最终被董卓、皇甫嵩击败。
公元189年，汉灵帝病重，下诏拜董卓为并州牧，其下属军队转交给皇甫嵩。董卓不愿交出兵权，因为在东汉末年，一旦失去兵权就失去了争夺地盘的主动权。汉灵帝去世后，大将军何进诏董卓率军入京诛杀宦官。
在何进、宦官等人的较量中，董卓最终成功掌握了东汉朝廷的大权，立汉献帝刘协为皇帝。公元190年，由于被曹操、袁绍、袁术、孙坚等关东诸侯击败，董卓迁都到长安。长安靠近西凉地区，这为董卓和马腾之间的合作创造了有利条件。
