1128年金人攻打南宋，东京留守杜充开决黄河大堤，以水为兵，阻挡金军骑兵南下。这导致了黄河在今天河南、山东、安徽、江苏境内分多支南流，然后夺淮河入黄海，这是黄河非常重要的一次变迁。这次黄河南派一直持续了700多年，在一开始的时候，南派的黄河并没有形成稳定的河道，分股夺河南、山东、安徽、江苏境内泗、汴、睢、涡、颍等河流的河道，主流最后夺淮河的河道流入黄海，漫淹沿线地区，为祸非常严重。直到明朝嘉靖、万历年间，经过几任河臣的治理，尤其是在万历年间经潘季驯治河后，黄河从河南东南流至江苏徐州由泗夺淮的主河道才基本稳定下来。
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到了明清鼎革之际，潘季驯留下的修防工程已经年久失修，所以河患又再度严重。到康熙前期，主要的河患都集中在黄河下游地区。
康熙前后任用了几任河臣，其中真正对黄河河患治理起到决定性作用的，是康熙十六年到二十六年在任的著名河臣靳辅。他对黄河的治理主要集中在两个地方，第一是在黄河与运河交汇的江苏淮安清口地区，主要问题是解除黄河对运河的淤灌和干扰;第二就是黄河尾闾段，即高邮、宝应附近，这个区域被称作“里下河”，这里地势低洼，雨水比较丰沛，黄河、洪泽湖和运河排泄出来的水难以排泄，容易堰塞，是河患最为集中的区域和靳辅治理的重点。
