1958年2月阿拉伯联邦共和国成立后埃及和叙利亚于1958年2月合并，国名阿拉伯联合共和国，简称阿联。1961年9月叙利亚脱离阿联后，埃及国名未改，仍称阿联。六天战争前后，埃及的国名是阿联。以色列面临南北联合的威胁。1958年7月14日伊拉克的军事政变推翻了费萨尔王朝，卡希姆将军建立军事政权。卡希姆深受苏联的影响，退出巴格达条约，拒绝美国的军事援助。同样，黎巴嫩和约旦也受到纳赛尔的煽动。1958年春至夏，黎巴嫩发生内战，伊拉克军队也卷了进去。黎巴嫩政府要求美国援助，第二天美国海军陆战队在贝鲁特登陆。
约旦国王侯赛因要求英国派遣军队帮助维持国内秩序，英国答应了他的要求。10月末，美、英两国军队虽然撤出了黎巴嫩和约旦，但这两个国家的国内形势仍然极不稳定。埃及和叙利亚两国采取了削弱约旦中立化的政策。1960年8月末约旦首相马贾利在安曼被炸死，侯赛因国王在叙利亚边境集结军队准备报复，形势一度十分紧张。1961年9月28日，叙利亚取消同埃及的联合。
1964年是阿拉伯各国团结气氛见诸成效的一年。叙利亚、约旦、黎巴嫩在成立巴勒斯坦解放组织(PLO)和利用约旦河的问题上达成了协议。对此，埃及等其他阿拉伯国家也表示支持。改变约旦河上游的流向，使之不被以色列利用，这对以色列来说是关系生死存亡的问题。1964年11月，以色列空军轰炸了这个水利计划的关键——约旦河上游。阿方判断，强行实施计划会引起战争，因而于同年12月放弃了该项计划。1965年5月14日于耶路撒冷建立的巴勒斯坦解放组织，是纳赛尔所不感兴趣的。和以色列斗争的不是纳赛尔而是叙利亚领导的巴勒斯坦解放组织及其下属游击队，这有损于以阿拉伯盟主自居的纳赛尔的自尊心。1966年2月在一次改变中诞生的叙利亚军事政权，加强了巴勒斯坦解放组织。1966年春以后，在以色列不断发生来自约旦和黎巴嫩的袭击事件。10月，以色列向联合国提出控诉，但毫无效果。
1966年11月3日，以色列军队袭击了约旦的萨穆村游击队基地，给游击队造成亡18人、伤54人的损失。到1967年，在叙以边境上不断发生袭击和炮击事件，形势更趋紧张。双方空军终于交战，叙利亚的6架飞机被击落。5月，袭击事件仍不时发生。以色列领导人的态度用《纽约时报》的话说，是：“为了杜绝袭击事件的发生，除了对叙利亚行使武力外别无他法。”无独有偶。莫斯科、开罗、大马士革传出了“以色列军队正在北部集结兵力，准备进攻叙利亚”的消息。以色列再三要求苏联大使到现场调查，澄清以色列是否真的在集结兵力，但遭到了祖巴钦大使的拒绝。战争的真正根源在克里姆林宫。
随着双方冲突的进一步加剧，1967年，埃及总统纳赛尔下令接管了位于埃及和以色列两国之间的联合国紧急部队的阵地，5月23日纳赛尔又下令封闭了以色列的重要出海口蒂郎海峡，这使以色列下定决心与阿拉伯国家开战。
