在日本，人们称在位的天皇为“今上天皇”，去世后再改称他的年号。据记载，日本第一代天皇是神武天皇，只不过，同许多国家一样，最早的首领都起源于神话传说。
神武天皇，只在传说里
相传开天辟地之初，日本列岛还不存在，神仙们都住在“高天原”，即天上。一天，众神俯瞰苍茫大海，觉得美丽的海中既无海岛，也无人烟，实在寂寞。于是，掌管万物生灭的女神召来伊耶那岐、伊耶那美兄妹，命他们到下界治理海洋。女神还赐给伊耶那岐一杆长矛，用无瑕白玉精制而成，名为“天沼矛”。
兄妹俩来到通向下界的天梯旁，兄长伊耶那岐把“天沼矛”插入海中一搅，平静的海面顿时波涛汹涌。接着，他将长矛抽出，从矛尖取下许多盐，这些盐落到海里，堆积成了一个岛。他们顺着天梯来到岛上，把一根粗大的柱子顶天而立，并在柱子后面建起一座宏伟的宫殿，称“八寻殿”。二神沿相反方向绕着柱子转圈，相遇时，伊耶那岐赞道：“真是一个美娇娘!”伊耶那美也赞道：“真是一个美男子!”随后，二神交合，并先后生下8子，也就是四国、九州、本州等8个岛屿，总称“大八洲国”。伊耶那美生完8子，坐起身时，又生6岛。接着，她又创造了岛国的山川草木。
既然创造了日本列岛，为什么不再生一个天下之主呢?于是，伊耶兄妹又生出了“日神”，即“天照大神”，她一出生就光芒四射。二神喜之不尽，将她送到天上，让她治理“高天原”。后来，天照大神派孙子琼琼杵尊下凡，带着八尺勾玉、神镜和草薙之剑3件神器统治下界。他死后，其后代彦火火出见尊自九州开始东征，最终统一日本列岛。彦火火出见尊于公元前660年登基，成为大和民族的最高统治者，被尊奉为神武天皇，也是“开国之神”。那3件神器从此成为历代天皇标榜正统的“三大神器”。
神武天皇的故事主要记载于公元8世纪日本皇室授意编写的《古事记》和《日本书纪》两部史书中。由于历史久远，其真实性已不可考。学界基本认为，神武天皇并不存在。这个神话模仿了中国皇权天授的故事，强调皇权神授，为天皇血脉的正统性和“万世一系”提供了理论依据。
推古女皇，首次自称天皇
真实的日本天皇究竟起源何时尚无定论。根据中国史书记载，在南北朝时期，日本先后有5位大王来华要求册封，分别是赞、珍、济、兴、武。赞曾于421年和425年两次遣使南朝，宋武帝还特发诏书嘉许。这与《日本书纪》中的记载基本一致。那时，日本还没有称天皇，只是称大王。
7世纪初，“天皇”的称号正式出现了。提出这一称号的是日本第一位女皇、第33代天皇推古天皇。推古天皇592年登基，628年去世。一般认为，这是有日本信史可查的最早的天皇。她在位期间，中国结束了长期分裂的局面，建立起统一的隋朝;朝鲜半岛上的新罗强大起来，占据汉江、洛东江流域。周边形势的变化引起了推古天皇和她的侄子、摄政王圣德太子的注意。他们也试图建立中央集权体制，开始了一系列改革——提倡佛教;从中国的佛教和儒家经典中找到“王权神授”“王道思想”的理论依据，并与传统信仰相结合，树立天皇是国家最高统治者的观念;压制大贵族势力，给中小贵族授与冠位，培养人才;重视中日邦交，向中国派遣留学生。
在对外交往中，推古天皇和圣德太子的“中央集权、唯我独尊”意识也有所体现。他们不愿再臣服于中国。公元608年，推古王朝在给隋朝的国书中，首称“东天皇敬白西皇帝”，即推古女王称自己为“天皇”，称隋炀帝为“皇帝”。这是日本在对外交往中第一次正式使用“天皇”称号，意在挑战华夷秩序，与隋朝平起平坐。
中大兄皇子，用计“清君侧”
公元629年，舒明天皇即位。642年，其皇后即位，称皇极天皇。在舒明、皇极两朝，贵族苏我氏大兴土木，劳役人民，暴虐骄横，甚至藐视和排挤皇极天皇。朝廷上逐步形成反对苏我氏专权，主张学习中国唐朝制度的改革集团。这个集团的核心人物就是舒明、皇极二人的儿子中大兄皇子。他求教于留学隋唐归来的学生和僧侣，立志革新政治，增强王室权威。645年，他精心策划了一场“清君侧”的宫廷政变——
那年6月12日，权臣苏我入鹿上早朝，在殿门前遇见了一位歌舞伎。歌舞伎巧言嬉谑，使苏我入鹿“笑而解剑”。苏我入鹿走进宫门后，大极殿的12道大门立刻悄然关闭上锁。大殿上的早朝如期进行，中大兄皇子、中臣镰足、佐伯连子麻吕等人手执武器藏在大殿旁，气氛极为紧张。突然，中大兄皇子率先冲入大殿，刺伤苏我入鹿。苏我入鹿跑近皇极天皇的御座，叩头作揖说：“臣不知罪，乞垂审察。”皇极天皇也很惊恐，问儿子发生了什么事情。中大兄皇子回答母亲说：“苏我入鹿尽灭天宗，将倾日位。”听罢，女王默默退殿，不加制止，苏我入鹿随即被杀。
苏我入鹿的父亲苏我虾夷得知儿子被杀后，企图反扑。中大兄皇子立即展开政治攻势，宣传“天地开辟，君臣始有”，揭露苏我入鹿专横跋扈、违君之道的罪行。苏我虾夷的部下纷纷“解剑投弓，舍此而去”。众叛亲离的苏我虾夷烧宅自焚而死，权倾一时的苏我氏退出了历史舞台，权力重归天皇。
孝德天皇，效仿中国使用年号
清除了苏我氏后，皇极天皇打算让位给儿子中大兄皇子。但中大兄皇子为避闲言，不受皇位，由舅舅轻皇子即位，这就是孝德天皇。
孝德天皇是位博学之士。《日本书纪》说他尊崇佛教，“为人柔仁好儒，不择贵贱”。他博览中国典籍，对远自黄帝和尧舜，近至汉唐诸帝的治国之术颇有了解，一直想改革日本陈腐的政治。
孝德天皇上台伊始，立中大兄皇子为皇太子，辅佐政事。他还仿照唐代官制，任命阿倍内麻吕为左大臣，苏我石川麻吕为右大臣，中臣镰足为内大臣，又任命从唐朝留学回国的僧旻、高向玄理为国博士，组成了改革的智囊班底。
645年6月19日，孝德天皇宣布年号为大化，取自中国的《尚书》“施教化，大治天下”之意，这是日本第一次效仿中国使用年号。646年1月1日，孝德天皇发布《改新之诏》，开始了一系列政治、经济改革：废除世袭氏姓贵族制度，确立中央集权的官僚政治体制;废除贵族私有的土地制度和部民制，将土地、部民全部收归国有，成为公地、公民;效法隋唐的均田制，国家每6年一次，把田地平均分给农民;统一租税。
大化改新让日本正式建立起中央集权的封建国家体制。天皇成为最高权威，自诩为神的代言者，把全国的土地和人民控制在自己手中。
但大化改新没有给孝德天皇带来平静。他原本与自己的外甥、皇太子中大兄皇子关系密切，政见一致，携手改革。但在改革过程中，两人出现了不同看法，日渐失和。
651年，孝德天皇改年号为白雉，第二年又将政治中心从奈良县的飞鸟移至难波(今大阪)。这一切似乎都是为了摆脱中大兄皇子。当时，新政不断受到贵族和旧势力的抵制。中大兄皇子既是为了控制残余的守旧势力，也是为了个人的权柄，要求孝德天皇迁都回飞鸟。孝德天皇不肯接受。653年，中大兄皇子毅然率领皇室贵族和朝廷大臣返回飞鸟，大半臣子也随他而去。孝德天皇独自留在难波，成了“孤家寡人”，第二年就在抑郁之中去世。
孝德天皇死后，皇极太上天皇于655年重新即位，称齐明天皇。中大兄皇子668年正式即位，是为天智天皇。在即位前，他颁布了日本历史上第一部正规法典《近江令》，将大化改新的成果以法律形式固定下来。
白河天皇，建立“院政”独揽大权
大化改新没能让天皇家族地位永固。中大兄皇子登基后，赐给大化改新的功臣中臣镰足一个姓氏：藤原。此后，藤原氏长期受天皇赏赐，拥有大量土地和财富，于9世纪下半期建立起摄关政治，开始独揽朝政。
“摄关”是摄政和关白的合称。天皇年幼时，由太政大臣代理行政事务，称为摄政;天皇长大亲政后，另设关白一职，辅助天皇总揽政事。按规定，摄政应由皇室成员担任，但自从藤原良房在866年自称摄政后，这个职务就落入权臣手中。11世纪中叶，藤原氏的庄园已占全国土地总面积的十几分之一。既有摄关两职在手，又有庞大经济基础，藤原氏便能随意废立天皇了。
11世纪中叶以后，藤原氏的专权日渐受到皇室和官僚的反对。1086年，白河天皇为抵制藤原氏，让位给年仅8岁的堀河天皇，成为太上天皇。他在自己的住处建立“院厅”，任命官吏，挑选武士保卫太上天皇和院厅，国政事务都归院厅处理，“院政”由此诞生。
太上天皇真正掌权的时间不长，仅有100年左右，即后三条、白河、鸟羽、后白河4位太上天皇统治时期。
后鸟羽太上天皇，向幕府投降
在各方反对藤原氏的时候，新兴武士阶层登上历史舞台。为了从外戚手中夺回皇权，朝廷不得不借助于武士集团的力量。源氏武士团是成长最快、最强的武士团之一。1192年，源赖朝在镰仓建立幕府(幕府本指将领的军帐，在日本特指权力一度凌驾于天皇之上的机构，其最高权力者为幕府将军)，与朝廷相并立，形成了双重政权结构。表面上天皇依然是“治天之君”，但其主要控制范围缩小到日本西部，仅掌管身份、官职、文化、艺术等特定领域的权力，实权在幕府手中。
凭源赖朝的智谋和实力，完全可以进驻京都(794年桓武天皇迁都京都)，挟持天皇，左右朝政。但他并没有这样做，而是一再声明对天皇的尊重。
源赖朝去世后，幕府实权落入他的妻子北条氏家中，他们与皇室的矛盾日趋尖锐。1221年，矛盾终于激化，京都的皇室和贵族发动了声讨幕府的“承久之乱”。当年5月15日，皇室向全国发令讨伐幕府。得到消息的幕府立即进行反击总动员，“军中只闻将军之令，不闻天子之诏”，迅速集结19万大军，由北条时房、北条泰时率领，兵分三路进军京都。发兵的同时，北条义时还写信给后鸟羽太上天皇说：“今派19万大军，请见情迎战。若仍感不足，我将亲率20万大军赴京都。”此时，皇室的兵力只有1.7万骑。6月5日至6日，两军在杭濑川相遇，皇室军不战而溃，幕府军进入京都。后鸟羽太上天皇大惊失色，投降时推卸责任说：“此次事件并非是自己策划，而是谋臣的计划。”
平乱之后，幕府对皇室进行了严厉的惩处，废掉了年幼的仲恭天皇，停止了太上天皇的院政，将两位太上天皇后鸟羽和顺德流放，拥立后堀河天皇登基。
13世纪下半叶，为争夺皇位，皇室分裂成两个系统。以后嵯峨天皇的长子后深草天皇为首的，称持明院系统;以次子龟山天皇为首的，称大觉寺系统。两派争相讨好幕府，以求获得支持。
德川家康，让天皇跌到最低谷
1467年，日本进入战国时代。在幕府之下，出现了众多拥有土地和武士的大庄园领主，称为大名。大名的出现和战国的到来，成了摇摇欲坠的天皇家族的救命稻草。因为，大名要在乱世中扩充势力，巩固地位，除了兵权和土地，还渴望获得朝廷授予的官位和荣誉称号，以显得自己名正言顺。为此，大名们从经济上纷纷资助皇室，而经济拮据的天皇就靠着卖官鬻爵维持生计。
16世纪后半叶，两个声名赫赫的大名——织田信长和丰臣秀吉为了利用天皇压服其他大名，对天皇和皇室都表现得非常尊重。可怜的天皇对织田信长、丰臣秀吉的“尊皇”行动受宠若惊。正亲町天皇竟然称颂织田信长是“大宏量”“大广智”“大无欲”“大慈悲”。1585年，丰臣秀吉被天皇任命为关白，次年兼任太政大臣，可以利用朝廷权威发号施令。
继丰臣秀吉之后，大名德川家康战胜群雄，结束了战国时代，于1603年2月开创江户幕府时代。此后的200多年里，天皇的皇位继承，除了因病、因亡者外，几乎都受到江户幕府的干涉。如果有天皇对江户幕府的干涉稍稍表露出不满，就会受到迫害，甚至被杀。比如后光明天皇、桃园天皇、后桃园天皇等人，都是死得不明不白。
在德川家族的江户幕府统治下，天皇的自尊和权威丧失殆尽，天皇的地位跌落到了历史的最低谷。能够延续其血统，不被彻底推翻，已是天皇家族的万幸。而终结这200多年低落命运的机遇，最后降临在明治天皇身上。
