个人荣誉
印巴分治后，出任巴基斯坦自治领首任总督。1947年8月11日巴基斯坦制宪议会选举真纳为主席，并授予他卡“伊德伊阿扎姆”(伟大领袖)的称号。巴基斯坦立国后，真纳提出“团结、信仰和纪律”的口号，并领导建立了国家银行和最高法院。
个人影响
真纳和印度领袖讨论未来印度宪法的问题：巴基斯坦的大多数穆斯林希望有一个分离的选举，而大多数印度教人则希望共同选举。真纳本人反对单独的选举，最后他提出了一个折衷方案并希望以此满足双方的要求，这就是著名的“真纳先生十四点”。
十四点
1、未来的宪法应该是一个联邦宪法，各省应该有一定的权利。
2、所有的省应该有相同的自主权。
3、国家所有的被选举的机构应该设立适当的、有效地体现各省的少数人群的选举方法。这个选举方法不应该使得多数人群变为少数或者变为同样多。
4、在中央立法机构中至少1/3的席位是穆斯林。
5、地方选举依然象今天一样进行分离选举，但这不排除将来任何时候放弃分离选举，进行统一选举的可能性。
6、任何行政区划的改变不应该影响到旁遮普、孟加拉和西北边省的穆斯林多数。
7、任何人群获得完全的宗教自由。
8、假如在任何立法过程中任何一个人群的3/4反对一个立法的话这个法律无法通过，来防止对这个人群的利益的损害。假如有其它类似的、更可行的手段来保证这个目的的话则使用该更好的手段。
9、信德省不受孟买管理。
10、在西北边省和俾路支进行与其它省份同样的改革。
11、在国家机构和其它地方自主机构中穆斯林应该与其他印度人一样获得同等的待遇。这一条应该在宪法中注明。
12、宪法应该规定国家和地方机关对穆斯林文化、对穆斯林教育、语言、宗教、个人权利和福利机构的帮助的保证。
13、任何政府，不论是中央的还是省的，要保证有1/3的穆斯林部长参加。
14、只有在印度联邦的邦同意的情况下中央立法机关可以改变宪法。
当时的报纸称这14点是穆斯林不可削减的最小要求了。但是国民大会党推翻了真纳的这14点，真纳被完全孤立，即使穆斯林也认为他出卖了他们。
真纳后代
真纳的后代都不是巴基斯坦公民或住在巴基斯坦。他唯一的女儿在巴基斯坦建立后留在印度，后来移居纽约，他的外孙是一个在印度出生的英国公民，他本来信基督教，后来改为琐罗亚斯德教，是一位著名的孟买工业家。
世俗主义
真纳本人持一个世俗主义的看法，他认为世俗的国家政治应该与个人信仰分开。在他在巴基斯坦立法会议的第一次演讲中他展望巴基斯坦成为一个世俗的共和国，而不是一个伊斯兰神权国家。当有人问他他属于什叶派还是属于逊尼派时他回答说。假如先知穆罕默德是什叶派的，那么他就是什叶派的，假如先知穆罕默德是逊尼派的，那么他就是逊尼派的，假如穆罕默德两派都不是，那么他也两派都不是。
分裂后真纳试图保护印度教徒。他任命了一个印度教徒为巴基斯坦的第一位司法部长，巴基斯坦的第一部国歌也是一位印度教诗人写的。
在今天的印度也有真纳的崇拜者。比如印度前总理和民族主义领导人阿塔尔·比哈里·瓦杰帕伊称真纳是一个尊敬的国家领导人和高贵的穆斯林领导人，他不为分裂时期的动乱和后来巴基斯坦内伊斯兰原教旨主义的崛起而负责。许多历史学家和记者承认真纳与他居住很久的孟买之间的感情、他对印度教徒的保护和他试图维持自由民主的做法。
新研究
尤其是在当时所有文件解除保密后的新的研究认为真纳并不是分裂的真正原因，真正原因是因为甘地和尼赫鲁不肯给予少数人群地区自主权。这些研究认为真纳至终为一个统一的、世俗的和为少数人群提供了一个“铁甲舰式的保护”的印度而奋斗。
