1900年7月16日，俄国“阿穆尔哥萨克军”的统领格里布斯基将军以所谓“从中国人的住处搜出了枪支和炸药”、“中国人即将发动暴动”为借口，宣布将阿穆尔军管区及布拉戈维申斯克城置于军事管制之下，命令当地警察局一个不留地逮捕城中以及郊区所有的中国人。
全副武装的俄国士兵闯进中国人的住宅和商店里，不分男女老幼，一律逮捕押走，就连怀抱的婴儿也被强拉了出来。有1500多中国人逃到城外躲藏，也被俄军搜出，许多人被刺刀活活捅死，活着的人被赶进警察局。这一天共搜捕了近3500人，警察局容纳不下，于是这些人在当晚又被押送到结雅河(精奇里江)畔的一个锯木场里。
7月17日清晨，布拉戈维申斯克警察局把所有中国人赶到黑龙江边，谎称用船将他们渡过对岸，可是岸边连一条船也没有。到了江边，哥萨克士兵便挥动战刀，把所有的中国人赶进水里。当妇女们把他们的孩子抛往岸上，乞求至少饶孩子一命时，俄国士兵却逮住这些婴儿，挑在刺刀上，并将婴儿割成碎片。其他的人则被哥萨克用马刀赶到了河里，此段的黑龙江江面约有800多米宽，俄国人强迫这些中国男人、妇女和儿童“自己游过河去”。结果只有一些最强壮的人游到了对岸。俄国当局这种灭绝人性的驱逐行动一直持续到7月21日。到7月22日，阿穆尔军管区宣布布拉戈维申斯克市内的中国人已经被全部“肃清”了。根据后世学者的估计，大约有三千到五千名无辜中国人死于这次屠杀。
7月17日当天，当得知俄国当局开始在海兰泡屠杀中国人的消息后，清军统领王良臣率部队携带火炮渡过黑龙江，准备保护江东六十四屯的中国居民。这支部队在布尔多屯地区与当地俄军哨所交战，随后于次日退回中国境内。得知此讯后，一些居住在周围地区的俄国哥萨克退伍军人和小股的正规部队(隶属于阿穆尔驿路警卫队的哥萨克骑步兵)在江东六十四屯地区对中国居民的村庄进行了多次扫荡，仅在布尔多屯及其周围的几个村子就杀害了近千人。在有的屯子里，俄国兵把中国人驱聚到一间大屋中，然后点火焚屋。其他屯子的房屋也大多被俄国兵放火焚烧，居民遭到枪杀。接下来俄国兵又将一些沿江屯落的居民，不分男女老幼、农夫工匠、负贩商贾，统统驱赶到黑龙江边，强迫其“游回满洲去”，上千人在江中溺水身亡，生还者只有六七十人。
7月31日布拉戈维申斯克市议会授权格里布斯基征用江东六十四屯中国居民所遗弃的粮食、家畜，收获庄稼，以供民用和军需，拍卖海兰泡中国居民的财产，利用中国人的住宅和商店为军用医院和军人宿舍。中国居民的全部田园财产均被沙俄军事当局征用和没收，总价值超过250万卢布。在血腥驱逐和屠杀了当地中国人后，布拉戈维申斯克城中的俄国居民自知犯下罪孽，时不时地处于“中国军队即将渡江前来报复”的歇斯底里性恐慌中。直到7月28日，一支俄国部队从斯列坚斯克经水路前来增援——这支部队曾因石勒喀河水位低而受到阻碍，布拉戈维申斯克的俄国人才安下心来。
十月革命后，当俄国工农红军消灭盘踞在远东阿穆尔地区的谢苗诺夫白军势力之后，一些赤卫队成员在布拉戈维申斯克城中搜捕来不及逃到对岸中国境内的“反革命分子”，将许多旧沙俄官吏、富商、警察等“阶级敌人”及其家属武装押送到冰封的黑龙江江面上，然后统统扔进冰窟窿里。据称当时“黑龙江江面上俄人妇孺哭声震天”，对岸黑河屯和瑷珲城的中国居民闻声站在江岸上遥望，一边咂舌，一边直说“报应，报应”。
1900年7月和8月，沿着黑龙江和乌苏里江又发生了许多起大规模驱逐中国人、以及在俄国境内(有时甚至越境)有组织地袭击和屠杀中国人垦殖村庄的事情。在涅尔琴斯克、斯列坚斯克、哈巴罗夫斯克和乌苏里斯克等地，有几百名中国人遭到杀害。1901年5月，在阿穆尔省成立了军事法庭，对海兰泡屠杀和江东六十四屯屠杀事件进行调查。审讯工作一直到1902年2月才结束，当时俄国内政、司法和陆军大臣取得了一致意见，格里布斯基将军被认为应对“驱逐问题处理失当”而负责，但是鉴于他“过去的功劳”，只是把他调到总参谋部。布拉戈维申斯克城的军事司令官被判处三个月监禁，然后撤销职务。实际负责驱逐中国人过河的当地警察局局长被判处监禁三个月。对于所有其他的控诉，一概不再受理。
