古印度哈拉巴文明究竟是怎样毁灭的?印度的史学家根据遗址和遗物从中提出了种种假说，较有影响的有以下两种：
其一是外族入侵说。持此说的学者都一致认为，大约在公元前1750年左右，印度河流域的一些城市遭到了很大的破坏，特别明显地表摩亨·佐达罗的毁灭。且在这座城市的街巷和房屋里留下了不少像是被杀戮的男女老幼的遗骨。
例如，在下城南部的一所房屋里，发现有13个遇害成年男女和儿童的骨骼横躺竖卧，杂乱无序。同时，被杀的人中还有一个头盖骨上有148毫米深的刀痕，大概是被入侵者用剑砍杀而死的。此外，大街头井旁都发现有尸骨，有些尸骨上留有刀痕，有的四肢呈痛苦的挣扎状。
在下城北部的街巷中，还发现有另一骨骼群，在他们附近还有两根象牙，这一切似乎表明象牙雕刻匠人一家的不幸遭遇。持此说者认为，摩亨·佐达罗经过一次大规模的入侵，居民东奔西逃，从此古城荒凉了。同样地，哈拉巴文化区的其他城镇也遭到了或轻或重的破坏。
在哈拉巴卫城上层更有明显的衰落迹象，特别要提到的是，在这里人们发现有新的陶器类型与哈拉巴文化并存。这一切说明有新的入侵者占据了哈拉巴文化区域。但疑问也随之而来：这些新的入侵者是谁?过去很多学者把他们同吠陀时期的印度——雅利安人联系起来。可是据史书记载，吠陀时期印度——雅利安人的入侵年代要晚得多，他们与哈拉巴文化的毁灭整整相隔有几个世纪。
其二是地质和生态变化说。持此说的学者主要根据印度河床的改造、地震以及由此而引起的水灾来证明这样一个事实：这一切都会给古城文化带来巨大的破坏。此外，河水的泛滥，沙漠的侵害，海水的后退也都会引起生态的巨大变化。不过古城文化毁灭的原因，可能因地而异。例如海水的后退对沿海的港口城市会带来很大的破坏。而且有的学者还认为，《百道梵书》所记载的当洪水毁灭世界之时，只有人类的始祖摩奴一人在神鱼的启示和帮助下造船得救，也许，这可能就是对印度河文明毁灭的一个回忆。
