朱由检对于内城已经陷落似乎将信将疑，带领心腹太监王承恩跑到煤山(景山)，四处?望，但见烽火烛天，确信内城陷落无疑，才返回乾清宫布置应急善后事宜，他要在自己殉国之前，命令家属先殉国。
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他对周皇后说：大势已去，你身为“母仪天下”之人，应该选择光彩而节烈的死。周皇后伤心地痛哭，说道：妾身跟随陛下十八年，今日一同死于社稷，死而无憾。两人泪流满面，相对无语。
接着，他要左右侍从传旨给嫔妃和懿安太后(天启皇后)，命她们自尽，不要坏了皇祖爷的国体。然后吩咐：传主儿来。所谓“主儿”，就是他的三个儿子??太子及定王、永王。
三个儿子赶来，他叫宫女取来旧衣服，亲自给他们换上，系上衣带，告诫他们：你们今日是太子、亲王，城破以后，就是小民了，各自逃生去吧!不必怀恋我，我必定要为社稷而死，否则没有面目见祖宗于地下。
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你们千万要小心谨慎，如果遇到做官的人，年老的称呼老爷，年轻的称呼相公;如果遇到平民，年老的称呼老爹，年轻的称呼老兄;文人称呼先生，军人称呼长官。然后交代一句：万一不死，将来不要忘了报父母之仇，不要忘了我今日的告诫。
这是他作为一个父亲对儿子的临终嘱托，在深宫之中长大，不了解外界世俗民情的皇子，如何在这个乱世安身立命。父子亲情中流露出无限的感慨，终于在临别时爆发出来，大声地嚎叫：你们三人为何不幸而生在我家!说罢无所顾忌地大哭起来，左右的侍从都被这生离死别的情景感动得失声痛哭。
周皇后在诀别三个儿子后，痛哭着返回坤宁宫。朱由检目送太监带着三个儿子出宫，急忙来到坤宁宫，看到周皇后已经上吊自尽，连声说：好!好!十六岁的长平公主(朱由检的长女)在一旁哀伤地哭着。
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这样一位婷婷玉立的花季少女，落入敌人手里，后果不堪设想;但是又不忍心叫她自杀，朱由检只得自己下手，结束她的生命。叹息着对她说：你为什么生在我家?乘她不备，拔剑向她砍去，公主本能地用手臂挡了一下，手臂被砍断，血流如注，当即昏厥过去。
