疯癫文明
《疯癫与文明》(Histoire de la folie à l'âge classique - Folie et deraison)是1961年出版的，它是福柯的第一部重要的书，是他在瑞典教法语时写的。它讨论了历史上疯狂这个概念是如何发展的。
福柯的分析始于中世纪，他描写了当时人们如何将麻风病人关起来。从这里开始他探讨了15世纪愚人船的思想和17世纪法国对监禁的突然兴趣。然后他探讨了疯狂是如何被看做一种女人引起的病的，当时有人认为女人的子宫在她们的身体周围环绕可以引起疯狂。后来疯狂被看做是灵魂的疾病，最后，随着西格蒙德·弗洛伊德疯狂被看做是一种精神病。
福柯还用了许多时间来探讨人们是怎样对待疯子的，从将疯子接受为社会秩序的一部分到将他们看做必须关闭起来的人。他也研究了人们是怎样试图治疗疯狂的，尤其他探讨了菲利普·皮内尔和塞缪尔·图克的例子。他断定这些人使用的方法是残暴和残酷的。图克比如对疯子进行惩罚，一直到他们学会了来模仿普通人的作为，实际上他是用恐吓的方式来让他们的行为像普通人。与此类似的，皮内尔使用厌恶疗法，包括使用冷水浴和紧身服。在福柯看来，这种疗法是使用重复的暴行直到病人将审判和惩罚的形式内化了。
临床医学
《临床医学的诞生》(Naissance de la clinique: une archéologie du regard médical)是福柯的第二部重要的书，1963年出版。它延续了《疯癫与文明》的讨论，概括了医学，尤其是临床医学和医院的发展。
词与物
《词与物》(Les Mots et les choses: une archéologie des sciences humaines)出版于1966年，它主要的论点在于每个历史阶段都有一套异于前期的知识形构规则(福柯称之为认识型(épistémè))，而现代知识型的特征则是以“人”做为研究的中心。既然“人”的概念并非先验的存在，而是晚近知识型形塑的结果，那么它也就会被抹去，如同海边沙滩上的一张脸。这本书的问世使福柯成为一位知名的法国知识分子，但也因为“人之死”的结论而饱受批评。让·保罗·萨特就曾基于此点批判此书为小资产阶级的最后壁垒。
这部著作力图构建一种“人文科学考古学”，它“旨在测定在西方文化中，人的探索从何时开始，作为知识对象的人何时出现。” 福柯使用“知识型”这一新术语指称特定时期知识产生、运动以及表达的深层框架。通过对文艺复兴以来知识型转变流动的考察，福柯指出，在各个时期的知识型之间存在深层断裂。此外，由于语言学具有解构流淌于所有人文学科中语言的特殊功能，因此在人文科学研究中，语言学都处于一个十分特殊的位置：透过对语言的研究，知识型从深藏之处显现出来。
这本书“妙语连珠，深奥晦涩，充满智慧” ，然而就是这样一本十足的学术论着，甫经出版即成为供不应求的畅销书：第一版由法国最著名的伽利玛出版社于1966年10月出版，印了3500册，年底即告售磬，次年6月再版5000册，7月：3000，9月：3500，11月：3500;67年3月：4000，11月：5000……，据说到80年代为止，《词与物》仅在法国就印刷了逾10万册。对这本书的评价也同样戏剧，评论意见几乎截然二分，不是大加称颂，就是愤然声讨，两造的领军人物也个个了得：被誉为“知识分子良心”的大哲学家萨特声称这本书“要建构一种新的意识形态，即资产阶级所能修筑的抵御马克思主义的最后一道堤坝”，法国共产党的机关杂志也连续发表批驳文章;不过更有意思的是，这一次，天主教派的知识分子们同似乎该不共戴天的共产党人们站到了同一条战线里：虽然进攻的方式有所不同，但在反对这一点上，两派倒是心有期期。但福柯这一方的阵容也毫不逊色：乔治·冈圭朗(Georges Canguilhem)拍案而起，他于1967年发表长文痛斥“萨特一伙”对《词与物》的指责，并指出争论的焦点其实并不在于意识形态，而在于福柯所开创的是一条崭新的思想系谱之路，这恰恰又是固守“人本主义”或“人道主义”的萨特等所不愿意看到并乐意加以铲除的。
不管怎样，《词与物》为福柯带来了巨大声望。不久，福柯又一次离开了法国，前往突尼斯大学就任哲学教授。福柯在突尼斯度过了1968年5月运动的风潮。这是一个“革命”的口号和行动时期遍及欧洲乃至世界的时期，突尼斯爆发了一系列学生运动，福柯投身于其中，发挥了相当的影响。此后，他的身影和名字也一再出现于法国国内一次又一次的游行、抗议和请愿书中。
知识考古学
《知识考古学》(L'Archéologie du Savoir)出版于1969年，这是福柯对方法论的讨论，他写了这部书来回答别人对《词与物》的反应。
规训与惩罚
《规训与惩罚》(Surveiller et punir: naissance de la prison)出版于1975年。它讨论了现代化前的公开的、残酷的统治(比如通过死刑或酷刑)渐渐转变为隐藏的、心理的统治。福柯提到自从监狱被发明以来它被看做是唯一的对犯罪行径的解决方式。
福柯在这部书中的主要观点是对罪犯的惩罚与犯罪是一个相互关系——两者互为前提条件。
福柯将现代社会比做边沁的《全景监狱》(Panopticon)，一小批看守可以监视一大批囚犯，但他们自己却不被看到。
传统帝王通过凌迟罪犯、斩首示众，以肉体的展示来宣示自身统驭的权威，这种直接曝入施力者与受力者的角色，16世纪进入古典时代，福柯以两个历史事件作为典范，说明规训手段的方式与样貌完全不同以往。其一是鼠疫肆虐于欧洲，为了让发生鼠疫的地区灾情不致继续扩散，指示每户人家关紧门户，闭居自身住所，不可在未经许可下到公共空间溜搭，街道上只有持枪的军人以及固定时间出来巡察、点名，透过书写登记，记录每个居民的存亡交付市长进行重新审核，规训方式从原来展示威吓，至现代转变成用科学知识、科层制度进行各种分配安置，显示规训手段的改变。
福柯无意解释罪犯是怎么来的，或是为何会有犯罪的行为等等起源或事件发生的原因等问题。他要强调某种机制存在于那边，原本只是要将一群扰乱社会秩序者关起来，然这件单纯事情开始被关注，研究为何这群人这么不同，观察颅骨大小、小时候是否被虐待，开始产生心理学、人口学、犯罪学这些学问，为“罪犯”这个身份附加更多的意涵，也同时加以主体化罪犯，试图让人正视强调这命题。再从这套认识，于监狱中透过反覆操练、检查审核、再操练，不只是要矫正犯人，并要犯人认清自己是个罪犯，是拥有偏差行为的“不正常”人，所以你自己要努力矫正自己，监狱、警察都是在“帮助”你做这件事情。也就是说，这套机制中的受力者既是主体又是客体，不只告诉罪犯你必须做什么，还会要求时时问自己这样做对不对，并且如何为自己的这个罪犯身份，忏悔和自我审查。
性史
《性史》(Histoire de la sexualité)一共分三卷(本计划六卷)，第一卷《求知意志》(La volonté de savoir)，也是最常被引用的那一卷，是1976年出版的，其主题是最近的两个世纪中性在权力统治中所起的作用。针对对于弗洛伊德等提出的维多利亚时代的性压抑，福柯提出置疑，指出性在17世纪并没有压抑，相反得到了激励和支持。社会构建了各种机制去强调和引诱人们谈论性。性与权力和话语紧密地结合在了一起。第二卷《快感的享用》(L'Usage des plaisirs)和第三卷《关注自我》(Le Souci de soi)是在福柯死前不久于1984年出版的。其主要内容是古希腊人和古罗马人对性的观念，关注一种“伦理哲学”。此外福柯还基本上写好了一部第四卷，其内容是基督教统治时期对肉体与性的观念和对基督教的影响，但因为福柯特别拒绝在他死后出版任何书籍， 家人根据他的遗愿至今未出版它的完整版本。
教程
除了1977年休假了一年之外，从1971年1月开始，一直到1984年6月逝世为止，福柯在法兰西学院进行了一周一次的教学课程。当时的讲稿和录音皆有留存，且正陆续出版中。此外，福柯在1983年曾于柏克莱加州大学以英文做了六场讲课，后来以福柯说真话(FEARLESS SPEECH)的书名出版。
