秦曼云是山东济南人，其兄长就是著名的革命烈士秦茂轩。秦曼云的第一任丈夫是我党第一代领袖人物关向应，两人于1928年6月在莫斯科中山大学结婚，数年后分道扬镳。后来，秦曼云又嫁给了曾是我党重要领导人后为叛徒的盛忠亮，
1934年6月26日午后6点，中共上海中央局书记李竹声在与共产国际代表接头后回到中央局的办公处，被守在门口的国民党中统上海行动区的特务逮捕，同时被捕的还有办公处的工作人员秦曼云、仇爱贞，以及中央局秘书处的负责人李德钊和交通员周惠年等。中共江苏省机关随即被破获，书记赵立人和全总党团书记袁孟超等也遭逮捕。秦曼云被捕后也随即成为叛徒(一说秦曼云后经保释出狱，但从此与中共脱离组织关系)。
李竹声亦在被捕后叛变，供出了中共在上海和苏区的许多机密，如中央红军的兵力和作战计划，以及上海中央局的电台位置等，接着他又供出了中共另一位重要领导人盛忠亮的秘密住址，盛忠亮随即在法租界被捕。
盛忠亮为中共中央委员，此前担任中央上海中央局宣传部长，李竹声被捕后，他接任了中共中央上海局书记。
盛忠亮在被捕之后曾在受审时大有一副坚贞不屈的架势，敌人从他嘴里很难搞到什么有价值的东西。无奈之下，国民党特务只好向已成叛徒的顾顺章求教。
顾顺章曾是中共秘密组织中央特科的负责人。1931年被捕后投降国民政府，由于其掌握大量共产党的核心机密，对党危害，被称为“中共历史上最危险的叛徒”。顾顺章对盛忠亮于秦曼云都了解，于是献上妙计——盛忠亮对女友秦曼云言听计从，可从秦曼云处下手。
国民党当局立即将秦曼云押解至上海，盛忠亮在秦曼云的诱导下可耻叛变，后两人结婚。
盛忠亮叛变后进入国民党中央党部社会科工作，当了中统特务。
1949年国民党败退大陆，盛忠亮、秦曼云随着蒋介石军事集团到了台湾，盛忠亮曾担任台湾“外交部”亚西司司长、驻乌拉圭全权公使。
1964年，秦曼云与辞职之后的盛忠亮携五个子女举家迁居美国经商，赚了不少钱。
秦曼云在晚年曾多次回国观光，还作为“爱国华侨”应邀参加过国庆观礼。
1981年，秦曼云首次回国，多次向有关部门请求，想见见当年莫斯科的老同学，组织上安排王鹤寿会见。
王鹤寿时任中央委员、中央纪律检查委员会副书记，他1926年在莫斯科东方大学读书时与秦曼云是同学。
关于这次会见，陶铸的女儿陶斯亮在《我与干爸爸王鹤寿》一文中有详尽的描述：组织上安排干爸前往探望，但他不想一个人面对有如此复杂历史的人，所以就拉上了我。这是一次让我终身难忘的会见。房门打开后，我眼前出现的俨然是一位阔太太。虽然已70高龄，依然化着浓妆，上着鲜艳绸衫，下穿绿喇叭裤，尖尖的高跟鞋、佩带着项链和耳环。老太太首先打听当年东方大学同学们的下落、境况，干爸简短的回答平静的叙述分外感人肺腑。老太太面带愧色，神情很不自然。她吞吐地陈述了1927年被捕的经过，极力为自己的变节行为开脱;她从侧面，却又不无真诚地询问了关向应同志死难的经过;她还表示，为了祖国的统一大业，愿意为共产党尽力效劳。最后，她以同情的口吻问：“这几年来，你受苦了吧?”干爸始终神态自若地靠在沙发上，摇着一柄纸折扇，听到这话，坦然地一笑：“这是我们党内自己的事情，算不了什么!”一句话，说得老太太顿时无言以对。
陶斯亮还感慨地写道：我望着这两位走过半个世纪再度重逢的老人，心情极不平静。干爸爸，旧衣布鞋，满头飞雪，神情冷峻，一望便知是历尽沧桑之人。他解放前曾6次被捕入狱，表现出一个共产党员坚贞不屈的气节。“文化大革命”期间，在叛徒、走资派等罪名下，被批斗573场，关押达10年之久，受尽肉体的折磨和精神的凌辱，但他对信仰从未动摇过、意志从未消沉过、自信也从未丧失过。
1986年秋，秦曼云回国探亲时专程去延安参观了关向应故居，并瞻仰了关向应的陵墓。
2001年12月17日，秦曼云在美国去世，享年93岁。
