《琅琊榜之风起长林》将延续“琅琊榜”的内核，故事始于靖王之子、大梁新帝登基十余年之后，靖王和梅长苏均已仙逝，而前朝后宫权利角逐从未停歇，大梁边境亦风云再起。守护大梁北境的长林军屡获军功，威名赫赫。在一次北境交战中，内阁首辅荀白水暗中断掉前线补给，战困中长林军副帅萧平章身受重伤，在琅琊阁学艺的弟弟萧平旌闻讯下山查案。
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三十年前，邻国夜秦遭遇疫情，大梁为自保封国道，濮阳缨因灭国之仇潜伏在大梁，并勾结琅琊榜第一高手，东海国主墨淄侯，暗中瓦解梁帝势力与长林府，两人于京城四处投毒，疫情迅速蔓延。濮阳缨设局，使萧平旌与萧平章先后中毒。此时北境急危，萧平章放弃救治，奔赴前线支援后毒发而亡。一年后，梁帝驾崩，大渝进犯大梁，荀白水与莱阳王萧元启诱哄年幼梁帝颁旨，禁边境兴兵，萧平旌抗旨出征击溃大渝，长林编制因此被废除。萧元启与墨淄侯暗中勾结，卖国谋逆。萧平旌于危急之中起兵勤王，奔赴沙场营救梁帝。
