靖难之役成功之后，朱棣坐上了皇帝宝座，然后把都城从南京迁到了北京，南京作为陪都继续存在。
朱棣在南京保留了吏、户、礼、兵、刑、工六部，同时继续设置都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。
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只不过，人员编制不太齐全，六部每部只设一个尚书，两个侍郎。南京六部行文时都要署上“南京某部”字样，以和北京六部区别开来。
朱棣北迁都城之后，为什么还要在南京保留一套类似京师的中央行政机构?原因可能主要有三个：一是安抚老臣，给予待遇和官位，让他们有职无权;
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二是更好的统治震慑南方，到明朝时，南方已经是富庶之地，每年为朝廷贡献了四分之三的钱粮，所以朱棣有意加强对南方的治理;
三是为了防止北方战事吃紧，不得以退守南京之用，预留一套中央班底，以备不时之需。
虽然南京六部的权力远不如京师，但也有一定职权。即便不能行使中央权力，但南京六部在管辖区内仍然具有话语权。
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南京所在的南直隶地区，共统辖十五个府和三个直隶州，相当于现在江苏、安徽两省和上海市，在这个范围内，南京六部可以直接行使职权。
这一地区不设布政司、按察司、都指挥司三司，原来三司行使的权力都由南京六部负责，其中南京户部、南京兵部的权力最重。王守仁(阳明先生)就曾经担任南京兵部尚书。
