特拉布松帝国早期与罗姆苏丹国有着长期的战斗，晚期则与奥斯曼帝国作持久的抗争。1258年，阿拉伯帝国首都巴格达被忽必烈之弟旭烈兀率西征的蒙古军攻陷后，帝国的首都特拉布宗成为了丝绸之路西端的终点。在蒙古人的保护下，特拉布宗得以透过丝路上的贸易而蓬勃发展，拥有着巨大的财富。1295年，马可孛罗亦取道特拉布宗回到欧洲。在1297至1330年这段帝国的繁盛时期，她成为了当时世上主要的贸易中心，并以巨大的财富和艺术成就而闻名于世。 14世纪中期帝国经历了长达15年的内乱，帝国再也没法完全恢复其内部的凝聚力、崇高的商业地位和昔日的疆土。 人文主义学者贝萨里翁(1401-1472)于帝国中期出生于首都特拉布宗。
1442年，奥斯曼帝国苏丹穆拉德二世曾尝试经海路攻占帝国的首都，但高大的海浪使船只难以登陆，土耳其军队因而被击退。 1461年夏季，穆罕默德二世率领军队从布尔萨、经锡诺普围攻特拉布宗，大卫科穆宁在城内坚持了一个月后，于同年8月15日投降。 东罗马帝国最后的残余终于灭亡。
在1461年帝国被奥斯曼帝国所灭后，大量信奉东正教的希腊人(称为本都希腊人)仍居住在古帝国的范围内至20世纪初。这些希腊人因为希腊与土耳其进行人口交换而于1923年始被土耳其驱逐至今希腊境内。然而，在当地说希腊语的穆斯林则保留于居住地至今。
