白莲教是唐、宋以来流传民间的一种秘密宗教结社。渊源于佛教的净土宗，相传净土宗始祖东晋释慧远在庐山林寺与刘遗民等结白莲社共同念佛，后世信徒以为楷模。
与净土宗大致相同，崇奉阿弥陀佛，要求信徒念佛持戒(不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒)，以期往生西方净土。先前的净土结社，参加者之间只是松弛的社友关系，社与社互不相属。茅子元则将其改为师徒传授、宗门相属。他在淀山湖建白莲忏堂，自称导师，坐受众拜;又规定徒众以“普觉妙道”四字命名;从而建立了一个比较定型的教门。
白莲教作为一种宗教概念，包括的内容很广。可以说它是一千多年来，发生在中国这块古老土地上的各种“异端”、“左道”、“邪教”的总括。是除了佛教、道教以外的又一个很重要的宗教，反映的是中国下层社会百姓的生活、思想、信仰和斗争，在中国农民战争史上充当着突出的角色。
白莲教信奉“真空家乡，无生老母”的八字真言。其教义则是“两宗三际”之说。“两宗”并非是其原有的天台宗和净土宗，而是指世界存在着明、暗两种相互斗争的势力;“三际”则是指过去、现在和未来三个时期。
他们宣传：弥勒佛降生，领导人们驱走黑暗，赢得光明，并在人间建立一个美好的“白阳世界”，人世界的弥勒佛就是他们的教主，故而要不断推翻世俗政权，建立一个以“白莲教”为首的神权王国。
明清时期各种秘密结社，如“反清复明”的“天地会”、“白莲教”、“天理教”甚至是“太平天国”等都有其影子，正是这样的教义才会鼓动民众造反。
初期的白莲教曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州(今江西九江)。但因教义浅显、修行简便而得以传播。迄南宋后期，虽仍被一些地方官府和以正统自居的佛教僧侣视为“事魔邪党”，但已到处有人传习，甚至远播到蒙古统治下的北方。元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是元代白莲教的两个中心。
元代白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。白莲教的地位并没有得到改善,一方面是继续信仰佛教、伊斯兰和基督教的上层人士不屑，一方面是地方上儒家大族们的本能敌视。所以白莲教依然被限定在底层人群中，发展维度有很大局限。但也是利用南北交通的联动，这种在江南完成重生的小教派，一路到了北方各地。
元末，一系列的天灾与大规模瘟疫，摧毁了整个王朝的脆弱基础。以底层人士为主的白莲教，自然出现在了风起云涌的叛军之中。他们以教团形式，加入了著名的红巾军。红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王(即阿弥陀佛)出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。最后协助朱元璋在江南有了立足之地。
但就和之前的历代统治者一样，上位的朱元璋很难不忌惮拥有自发组织的白莲教。尤其是这些教团已经在民间发展数百年之久，很难不有悖于朱元璋的高压管制理念。于是，在他开始东征苏州时，就已经发布了攻击和取缔白莲教社团的命令。
在新的明朝基本占据长城以南的区域后，白莲教在当时京师所在的江南地区，被压制的非常厉害。相反，倒是位于边区的北方各地，有了逐步壮大的趋势。尤其是在山地众多的山西，大量长期接受内亚宗教影响的民众，很容易就接受了相同起源的白莲教。元末明初的北方战事，基本上就以山西为核心展开。战争破坏与明朝的奇葩经济政策，都让更多人陷入了贫困。白莲教的潜在市场也逐步增加。
15世纪初的朱棣叛乱，又引发了规模不小的靖难之役。虽然战争基本上就在燕京到江淮直接的运河流域展开，却也一度影响到山西、河南等地。躲避战乱的人群，大量逃入附近省份。很多从卫所制中脱离的失地军户，也不自觉的进入山西和直隶，再次壮大了白莲教的规模。对此也无可奈何的明朝朝廷，只能怪小民无知，容易被“妖人”煽动。
更为不妙的处境，来自气候变化所带来的天灾。其中又以山西地区，遭灾特变严重。原本生产方式多样化的当地农民，被明朝强制进行单一的生产模式，对灾害的抗击能力也就降到了最低。不少人铤而走险，开始同边境另一边的蒙古人做了走私贸易。白莲教团的组织性与协作能力，正好符合走私商团的必须。
结果，这些在山西的白莲教众，就成为了北方边区的主要走私力量，堪称后来著名的晋商集团先祖。他们和东南沿海的私人海商一样，必须同内地的官宦大族联系，形成了维持地区经济稳定的不可控因素。这样的局面在整个15世纪后期都愈演愈烈。当广东和浙江沿海的商人，在地方官护佑下出海贸易。在山西也有不少白莲教徒出关，同掌握北亚贸易路线的蒙古人交易。
明初最大规模的白莲教起义是著名的唐赛儿起义。唐赛儿是山东蒲台县人，林三之妻。林死后据说唐偶得一石匣，内有宝剑兵书，唐研习后通晓法术兵法，以传白莲教为名，集合民众数千，于永乐十八年二月(1420年)起事，兵力达到数万人。永乐帝调动大军，才镇压下去，但在数万大军围剿之下，唐赛儿居然逃脱，令朱棣大为震怒。因为谣传唐赛儿出家为尼，躲入寺院，明朝廷在北京、山东等地的寺院里搜捕尼姑数万人之多，最后也没能擒获唐赛儿，白莲教在民间的潜势力之强大可见一斑。嘉靖年间，轰动朝野的“李福达案”便是白莲教势力所一手策划。
到了天启二年(1622年)，一次规模巨大的白莲教起义爆发了，即山东徐鸿儒领导的大起义，这是明末农民大起义的序幕。徐鸿儒是河北蓟州闻香教主王森的徒弟。王森于滦州石佛口传教，自称得妖狐异香，故倡闻香教。万历二十三年(1595年)，曾因传播邪教罪被捕，用贿得释，入京师。在北京他广交外戚宦官，继续行教。只因他的徒弟李国用用符咒召鬼，另立教派，和王森一派发生矛盾争执，终于事发。四十二年(1614年)王森再次被捕，五年后死于狱中。
王森死后，他的儿子王好贤和徒弟徐鸿儒、于弘志继续传教，信徒益多。天启二年(1622年)，王好贤与徐鸿儒相约是年中秋共同起兵，因计划泄露，徐鸿儒先期反，于五月起兵，自号中兴福烈帝，称大乘兴胜元年，以红巾为识。从五月至六月，相继攻陷郓城、邹县、滕县、巨野、峄县等地，十一月失败。于弘志于六月据武邑白家屯，将取景州，接应徐鸿儒，但举事七日即失败。
徐鸿儒等人在山东经营二十年，徒众不下二百万人，起义规模巨大，朝廷为之震动，称此为“二百六十年来未有之大变”。
白莲教的组织到了清代分布很广，黄河上下，大江南北到处都有，尤其是直隶、山东、山西、湖北、四川、陕西、甘肃、安徽等最为活跃。各阶层人民踊跃参加，在农村中则有“乡约吃教”，在城镇、集市则有“差役书办吃教”。当时教门派别很多，有清茶门教、牛八(朱)教、十字教、焚香教、混元教、红阳教、白阳教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八针教、大阳教等五花八门，其少许多教派都是白莲教的支派。白莲教拥有的群众最多，影响最大。它本身又分为许多别支，各以教主、首领为中心，组织相当复杂。领导人的名称也很多，有“祖师”、“师父”、“老掌柜”、“少掌柜”、“掌教元帅”、“先锋”等等。它的这种组织形式，适应于秘密传教(有时也用经文编成歌词，配上民间小调，击渔鼓、打竹板，用说唱的形式传教)，分散活动。
清朝中叶以后，人口迅猛增加，人多地少的矛盾相当突出，南方各省无地农民大量向陕西、河南、四川等地迁移。但是他们发现不管走到什么地方，土地皆被旗人及官员地主等霸占，移民过来也只能靠租种别人家的田地为生。
这时候的“白莲教”乘机在这些移民中宣传其传统的“两宗三际”之说，又加入了许多世俗内容，如：习其教者，患难相救;赀财均分;穿衣吃饭，不分你我等等，这些说教对于困苦的老百姓来说，具有莫大的吸引力，因而“白莲教”从乾隆中期开始，便慢慢成为一股强大的政治力量。
到了清嘉庆元年(1796年)，白莲教大起义已发展成嘉庆年间规模最大的一次起义。
嘉庆年间的白莲教起义，前后持续了九年零四个月，最早参加者多为白莲教徒。参加的人数多达几十万，起义爆发于四川、湖北、陕西边境地区，斗争区域遍及湖北、四川、陕西、河南、甘肃五省，而这五个省份，在当时都是中原最为富庶的地区，经过这次长达九年的战乱，人口大量减少，农业、商业、手工业遭到致命打击。白莲教起义军在历时9年多的战斗中，占据或攻破清朝府、州、县、厅、卫等204个。抗击了清政府从全国16个省征调的兵力，歼灭了大量清军，使清军损失一、二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，土豪劣绅1000余人。清政府为镇压起义耗费白银2万万两，相当于当时清政府5年的财政收入，嘉庆帝扳倒和珅所得之财富，皆耗在白莲教起义的作战中。从此，清王朝从所谓“隆盛之世”陷入了武力削弱，财政奇黜的困境，迅速跌入没落的深渊。
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