9月2日拂晓，纳尔逊正在伦敦一小溪边散步，巡洋舰“欧亚拉斯”号的舰长布莱克伍德给他带来了一个消息，说维尔纳夫已经进入加的斯。于是纳尔逊的短假遂告结束。9月15日，他乘他的旗舰“胜利”号扬帆出海。9月28日，他与柯林伍德的舰队会合在一起，并接管了全部舰队的指挥权。9月29日，正好是纳尔逊的47岁生日，他宴请了他的舰长们，并把他自己考虑已久的作战计划解释给他们听。
英方纳尔逊的计划
纳尔逊的计划是：把全部舰队分成二支队，另以一支作预备队。一队由他亲自率领突击敌舰队中央，切断其前后联系，打乱敌人队形，使其首尾不能相应;另外一支由柯林伍德率领攻击敌人后卫;预备队在发现敌人的旗舰后，才发起进攻，一举打乱其指挥机关，迫使敌舰陷入混乱状态，最后逐个歼灭被分割的敌军军舰。同时，他还给予舰长们在攻击方式上享有极大自主权，只要求他们充分发挥勇猛顽强，积极主动，敢于近战的精神。听完这个计划，舰长们极为振奋，异口同声的说：“它是真新奇、真特殊和真简单……只要我们抓住他们，就一定会成功!”他们把这种战术称为“纳尔逊秘诀”。1805年10月9日，纳尔逊正式下达了作战命令。
法方维尔纳夫的计划
在加的斯的维尔纳夫发现他的处境是空前的恶劣，他的金库是已经一空如洗，一切的粮食，供应品都莫不感到缺乏。除了原有缺额2000人以外，又还有1700余人的病兵。更坏的是法西两国的官兵又经常发生争吵。拿破仑此时已经放弃了侵英的计划，他给“可怜的”维尔纳夫(这是拿破仑对他所加的评语)下达了一项新的命令，要他从加的斯出发，在意大利的那不勒斯一带完成牵制性运动，然后回到土伦整休舰队。然而，由于对维尔纳夫已失去信心，他又命令海军部长德克雷撤换维尔纳夫，而以海军上将罗西里来替换他。1805年10月1日，维尔纳夫开始作最后的准备，预订在同年10月7日出海，可是风向突然转变，使他在港中停留了10天之久。同年10月8日，在一个作战会议上，维尔纳夫向部下准确预言了纳尔逊会采用切断法西舰队的前后联系，包围后方，然后各个击破的新战术。但维尔纳夫却拿不出可行的对策。最后他只得下令：“假如法西联合舰队占上风，则应迫近敌人，然后一对一地作战。”
