德军统帅部在巴尔干半岛的作战中并没有一个全盘计划，当德军占领希腊本土后，希特勒原准备就此结束战役，但德国空军的一些将领却在考虑以空降突击手段夺取克里特岛。
这一计划最坚决的主张者是第11航空军军长斯徒登特中将，他是德国空降部队的创建者，第11航空军的建制里就包括德军当时的全部空降部队。他已经进行了多年的组织准备和几个月的筹划，打算在克里特岛实施一次大规模空降作战，以此来证明空降部队不仅仅是战术意义上的突袭部队，而是具有战略意义的新兵种;同时证明空降作战理论的正确性，作战计划上报第4航空队司令洛尔上将后，洛尔考虑的是以克里特岛为基地的英国飞机可以袭击罗马尼亚的普洛耶什蒂油田，与其日后被动应付英军的空袭，不如现在攻占克里特岛以免后患，便于4月15日将作战计划呈报空军总司令戈林元帅，戈林正急于寻找机会打败英军，恢复德国空军在不列颠空战中遭受严重打击的声誉，随即同意了这一计划，并于4月21日和斯徒登特一起前往最高统帅部，向希特勒面陈。
希特勒批准了这一计划，在征得意大利同意后，于4月25日下达了第二十八号训令：以空军第11航空军所属的空降兵部队为主，执行攻占克里特岛的使命，作战代号“水星”，战役发起时间最迟不得超过5月中旬。
德军战役总指挥是第4航空队司令洛尔上将，参战部队为空军第8航空军和第11航空军，以及海军的东南舰队。
第8航空军是一支飞机机型齐全，数量可观，具有极强战斗力的航空兵部队，军长为里希特霍芬中将，共拥有飞机808架，其中战斗机230架、水平轰炸机223架、俯冲轰炸机305架、侦察机50架，现驻扎在希腊和保加利亚，负责夺取战区制空权和为空降兵部队提供航空火力支援。
第11航空军建制里编有第7空降师、第22机降师和滑翔突击团，是德军当时全部的空降部队，全是精锐之师，训练有素，装备精良，官兵大多具有空降作战的实战经验。可惜，第22机降师因缺乏交通工具，滞留在罗马尼亚，无法按时到达希腊集结，德军统帅部只得临时将正在希腊的第5山地师划归第11航空军，代替第22机降师的作战任务。第5山地师尽管也是德军的精锐部队，但没有经过系统的机降作战训练，与空降部队的协同也没有第22机降师那样默契熟练。上述两个师又一个团，总数约3万人。担负空中运输的，是第11航空军所属的约500架容克-52运输机和80架滑翔机。
海军的东南舰队集结了包括驱逐舰在内的约70艘舰船和约200艘摩托舟艇，负责运送7000人的海军陆战队在克里特岛登陆，并为战役提供海上支援。
德军在制定作战计划时，洛尔和斯徒登特对空降部队的使用产生了分歧，洛尔坚持认为应集中在马拉马和干尼亚两地空降，以确保兵力数量上的优势。而斯徒登特却根据战争初期在挪威和荷兰的空降作战经验，认为应在多个目标同时空降，以造成敌军的混乱和无法相互支援，他坚持在克里特岛上的七个地点同时空降，然后像油渍扩散那样扩张战果，直至占领全岛。两人各持一词，互不相让，无法取得一致，便将各自的计划上报戈林，戈林采取了折衷的方法，攻击当天上午在马拉马和干尼亚两地空降，下午则在雷西姆农和伊腊克林空降。
德军的具体部署是：分为西部、中部和东部三个战斗群，迈恩德尔上校指挥的滑翔突击团为西部战斗群，在马拉马空降，夺取马拉马港和机场;第7空降师师长萨斯曼中将指挥第7空降师之伞兵第3团和第2团(欠第2营)为中部战斗群，在雷西姆农和干尼亚空降，占领机场、干尼亚和苏达湾;布劳尔上校指挥第7空降师之伞兵第1团和伞兵第2团2营为东部战斗群，在伊腊克林空降，夺取伊腊克林机场。第5山地师为预备队，机降或海运上岛增援。岛上作战由第7空降师师长萨斯曼统一指挥。
出发机场为希腊南部刚刚赶修出来的六个简易小型野战机场，空降距离250公里。由于飞机数量不足，空降只能分批进行，第一批运送滑翔突击团和伞兵第3团，分别在马拉马和苏达湾空降;飞机返航后再运送伞兵第1、第2团，在雷西姆农、干尼亚和伊腊克林空降。计划当天夺取三个机场和干尼亚，然后机降预备队，由东向西发展攻击，占领全岛。斯徒登特的指挥部开设在希腊雅典的一个旅馆里，负责全局指挥。
德军从4月25日起开始进行战前准备。由于空降部队大多在德国本土，首先一个难题就是部队的开进和集结，第11航空军的部队先搭火车到达罗马尼亚，再换乘卡车前往希腊，途中为了让参加对苏联作战的第2装甲师优先通过而在马其顿的山区停留了足足三天，--直到5月14日，第11航空军的部队才在雅典附近集结完毕，开始战前训练，一些部队还进行了夜间空降训练。
此外，德军担负运送空降兵的运输机从巴尔干战役开始起就一直执行空运任务，高强度的频繁使用，运输机的机身和发动机都急需检修，5月1日起，第11航空军所属的运输机全部飞回德国，进行检修保养，数家飞机制造厂经过夜以继日的工作，终于将493架容克-52运输机检修完毕，其中大部分飞机还更换了发动机。5月15日这493架飞机在希腊南部的出发机场集结完毕。
所有战前准备中最大的困难是燃料问题，493架运输机需要往返三次才能将空降部队运到克里特岛，这样共需要300万公升的燃料，而这些燃料都还在希腊比雷埃夫斯港外的油轮上，直到5月16日，连一滴燃油也没有运到机场，因为科林斯大桥被炸毁后堵塞了运送燃料的油轮所必经的海峡，5月17日，第11航空军后勤部长塞布中校用飞机接来了潜水员，才将航道疏通。5月18日油轮驶入比雷埃夫斯港，然后立即将燃料分装到200公升的油桶里再用卡车运往机场。原定5月18日开始的攻击不得不延迟两天，但直到5月19日深夜，还有几个中队的运输机没有得到燃料，此时距离预定的出发时间只有五个小时了，就连参战的空降兵也加入到运输燃料工作中，他们将油桶运到飞机旁，用手摇泵为飞机加注燃料，总算完成了攻击准备。
5月14日，北非德军发动了攻势，以牵制北非英军，使其无力支援克里特岛。同时，对克里特岛进行了战前侦察和航空火力准备。
