数百年来，日本京都一直是政治和经济中心，当然各种重要的资讯也在京都地区汇集。而在镰仓，则无法获得如此之多的资讯。对于追随足利尊氏的武士们而言，京都虽然是一个极为重要的地区，但相比镰仓来说，武士们认为还是镰仓比京都要好。最为关键的，幕府一直以来都是在镰仓，大家早已熟悉。
在这个问题上，大部分武士都认为武家政权应该建立在镰仓，效仿源赖朝即可。不过足利尊氏及部分武士认为，应该要把幕府建立在京都。除了上文所说的原因外，武士必须要学习足够的技能，为自己成为统治者最好准备。
在这个问题上，武士们分成两派。反对在京都建立幕府的，是以足利尊氏的弟弟足利直义为主的镰仓派。而足利尊氏自然是京都派。后世认为，室町幕府在初期实行的是二头政治。足利尊氏掌握主从制的支配权，而足利义直则拥有统治权。
在1336年11月7日，足利尊氏制定《建武条目》，提出了幕府的方针。这个方针主要目的还是为了得到以足利义直为主的镰仓派的理解。也就是说，足利尊氏承认镰仓对于武士的重要意义，承认镰仓派的主张是有依据。不过，前往京都建立幕府是顺应民心之举。
足利直义和其支持者很早就主张，足利氏应该要继承镰仓幕府，并且和京都朝廷断绝一切关系，在关东地区建立武家政权。不过，足利尊氏压制了这种主张。足利尊氏明白镰仓对于武士的影响，以及灭亡的镰仓幕府在镰仓地区获得的功绩。《建武条目》中，对于这些给予了承认。在《建武条目》中明确记录：北条义时奠定了镰仓武家政权的基础，北条义时的儿子北条泰时镇压了承久之乱，我们应该拜两人为师。
不过，足利尊氏和足利直义这两位兄弟的关系出现了裂痕，毕竟权力分散是难以持久的。而高师直则是进一步加剧了两人的裂痕，造成兄弟对立。足利直义主张与传统权威合作，保证稳定。而高师直则是传统权威的叛逆者。这造成了双方水火不容，进而引发了观应之乱的爆发，日本在继南北朝发生后，再次分裂成对立的两派。
这场室町幕府的内乱，最后以高师直和足利直义丧命这场内乱才算结束。不过室町幕府的内乱结束，但日本仍然处于南北朝中，足利尊氏一生都处于战乱中，在他身故后，南朝的抵抗仍然没有结束。
京都清水寺保存着一份足利尊氏的亲笔文书，通过这份文书我们可以看到足利尊氏为残酷的现实及其苦恼的心声：“愿即遁世”、“不求今生果报，唯愿后生佑助”。也就是说，足利尊氏希望早日与现世断绝联系，不求现世幸福，只求来世保佑。从这里也可以看出，身为统治者的足利尊氏，对于当时日本的现状极度悲观的态度。
最后，足利尊氏仍然在京都建立了武家政权。这必然会与京都的公家产生不和，毕竟天皇家的分裂和南北朝的动乱和武家有关。特别是南朝的建立，是足利尊氏一手促成，被人怨恨也是理所应当之事。因此，足利尊氏在后世的名声并不好，被冠以“逆臣”的恶名。
