室町幕府(1336年-1573年)，名称源于幕府设在京都的室町，又称足利幕府。
简介
由南北朝时代足利尊氏1336年建立幕府开始，结束于1573年织田信长废除将军足利义昭。1336年(延元元年，建武三年)足利尊氏在京都室町建立了武家政权。此后两个朝廷对立的南北朝时代。明德三年(1392年)闰十月，南朝的后龟山天皇还幸京都，向北朝的后小松天皇进行让国仪式，授予神器，实现两朝的合一。如此室町幕府成为支配全国的统一政权。
室町幕府执政时期，由强大的守护大名任“管领”等要职辅佐将军。室町幕府在行政方面由将军总理一切政务。其下设“管领”，以辅佐将军，一般由足利氏一族的斯波、细川、畠山三氏轮流担任，谓之“三管领”。管领之下有侍所、问注所，政所等机构，而以侍所最为重要。
在八代将军足利义政任期内应仁之乱与细川政元的政变之后，日本各地大名豪族互相征伐兼并土地，不再听从幕府号令，室町幕府势力衰弱。应仁之乱开始日本进入了举国混战的战国时代。虽然战乱持续，但内外通商繁盛，农业、工业技术也有所提高。1573年(天正元年)，第十五代将军足利义昭被织田信长驱逐出京师，室町时代结束。
概述图为室町幕府足利将军家纹“二引两”
历史
推翻镰仓
镰仓幕府自从蒙古势力两次入侵后，统治转向衰落。在人民反抗日益激烈的同时，幕府内部的矛盾也加深了。1285年的“霜月骚动”中，安达泰盛一派失败，其一派的御家人被大量消灭。内战削弱了御家人的力量，并进一步加剧了御家人之间的矛盾。
末代执权北条高时又恰恰是一个无所作为之辈。至此，不论是外样御家人或非御家人，大部分武士的心都已离开了幕府，伺机反叛。正当农民、武士对镰仓政权普遍不满，镰仓幕府日益衰落的时候，京都天皇及公卿贵族认为复兴旧政权的时机已到而跃跃欲试。阴谋复旧的核心人物是后醍醐天皇(1318-1339年在位)。
他于1318年即位，不久便废院政实行亲政，再兴记录所，企图重现延喜、天历时“代呼”这一“圣代”，以此为目标开始了紧张的倒幕活动，为此，他极力推崇镰仓中期传入的朱子学，召禅僧玄惠入宫讲解《新注》，企图以朱子学所鼓吹的“三纲五常”、“大义名分”来激励朝臣气节，其复兴旧王朝效力。
后醍醐天皇拟就了使用畿内武士和僧兵袭击六波罗的倒幕计划，但计划于正中元年(1324年)泄漏，日野资朝、日野俊基被捕。
(史称“正中之变”)此后，后醍醐天皇又重拟，亲赴南都(奈良)北岭(京都)各大寺院，拼凑倒幕武装，并对各国武士和“恶党”做工作。但这次计划于元弘元年(1331年)又败露，结果他本人被幕府流放到隐岐岛(岛根县海上)。北条高时立持明院统量仁亲王为天皇，是为光严天皇(“元弘之变”)。
这时近畿和中国地方等地的反北条氏势力已经纷纷起事，“恶党”蜂起，同地头、庄官作战，或联合起来反抗上级领主。索以“地侍”首领闻名的河内(大坂府)楠木正成(1294年-1336年)也已起来战斗。
他先后据守河内的赤坂城、千早城，重创幕府军。在大和国，许多农民变成“野伏”(“强盗”)，干扰幕府的粮路，截杀撤退的武士。在战乱日益扩大的情况下，正庆三年(1333年)2月，后醍醐天皇逃出了隐岐;同年，幕府的征讨大将足利高氏(1305-1368年)在赴伯耆途中突然举起叛旗，把近畿地方的武士组织起来。5月7日消灭了幕府在京都的六波罗探题，占领京都。
与此同时，九州、四国的武士分别消灭了幕方的九州探题和长门探题。上野豪族新田义贞(1302-1338年)也举起叛旗，率关东武士攻陷镰仓。时为1333年5月22日，北条高时及其一族自杀。镰仓幕府在农民和不满幕府的武士们的打击下灭亡了。
建武新政
建武新政镰仓幕府灭亡(时为1333年5月)的次月，后醍醐天皇返回京都，重掌朝政，改元“建武”，并开始一系列新政，史称“建武中兴”。后醍醐天皇对平安时代的延喜、天历年间的天下一统的政治颇为向往。为重现天皇一统天下的政局，他在重新执政后短短的两年时间里，宣布实行“新政”。
后醍醐天皇在新政之始，恢复记录所审议重要政务，设立恩赏方、杂诉决断所，分别处理赏赐问题和所领诉讼。这些机关的职员，除了在杂诉决断所半数左右为武士之外，大部分是公家。在记录所和恩赏方的武士只有楠木正成、名和长年等数名。虽然足利尊氏被赐予极高的官位，但是并没有处于政治中枢。
相当于统辖武士和警备皇宫的武士所头人的地位也被给予新田义贞的一族。足利氏方面，仅仅是被官高师直、上杉宪房担任杂诉决断所的职员。
“建武新政”只不过是后醍醐天皇的理想，由于他忽略了一个客观事实，即时代已与延喜、天历时期不同了，而其主要的不同点在于独立且实力颇强的武力的存在。所以最终导致失败是必然的。在具体执政过程中，朝廷重公卿轻武士以及政令多变、决策错误百出等等，导致了社会的混乱、公卿与武士之间矛盾的激化。
标榜“王政复古”的后醍醐天皇
建武二年(1335年)七月，北条高时的遗子北条时行在关东举兵，对新政不满的近国武士们聚集，很快就成为极大的势力。时行带领大军迫近镰仓，足利直义迎击，战败，之后杀死幽闭中的护良亲王，奉成良亲王西走。
足利尊氏接报，向朝廷请求让自己东下讨伐北条时行，并要求担任征夷大将军和诸国勿追捕使。然而得不到敕许，结果成良亲王成为征夷大将军。
如此足利尊氏没有得到朝廷的准许，在八月二日离京，在三河国与足利直义之势合流，在各地击破叛军陆续前进，十九日收复镰仓。此即中先代之乱。足利尊氏利用前往东国平定兵乱的机会，在镰仓竖起叛旗。1336年1月攻入京都，3月，退出京都进军九州。四月三日，足利尊氏让一色范氏等在九州留下，率领少二、大友等九州势离开博多。途中与中国、四国势会合，在备后的鞆兵分两路，足利尊氏从海路，直义取陆路向东进发。
同月二十五日，在兵库和田岬击败新田义贞军，在凑川之战全歼楠木正成的军队，迫使楠木自杀。后醍醐天皇在二十七日逃往比叡山，二十九日足利直义的军队进入京都。足利尊氏也在六月十四日奉光严上皇及其皇弟丰仁亲王进京，八月十五日亲王在没有神器的情况下即位成为光明天皇。
之后两军也持续交战，后醍醐天皇侧由于名和长年等人的战死，败势逐渐变浓。天皇命令新田义贞奉恒良、尊良两亲王前往北陆，自己则于十月十日按照足利尊氏之前的邀请返京，十一月二日，授予光明天皇神器。如此建武新政在仅仅二年半后就宣告结束。
开创幕府
足利尊氏再次攻入京都后，后醍醐天皇逃入比睿山，尊氏拥立光严之弟丰仁亲王为光明天皇，并派直义围攻比睿山。在内无粮草外无救兵的情况下，后醍醐天皇回到京都，遂为尊氏所幽禁。
尊氏控制京都以后，自任征夷大将军，开幕府于室町，并公布《建武式目》十七条作为施政纲领。同年12月，后醍醐天皇得北畠亲房救助逃至吉野山，并宣布重开朝政。自此京都光明天皇的朝廷称“北朝”，吉野后醍醐天皇的朝廷称“南朝”。五十七年间，日本南北两朝对峙，进入内乱时期。
建武二年(1335年)十一月七日，足利尊氏公布二项十七条的建武式目，向天下宣布幕府的复兴同时出示今后施政的基本方针。
幕府的组织大体上从建武三年(1336年)到四年(1337年)得到确立。足利尊氏在期间得到北朝的委任，叙权大纳言，历应元年(1338年)八月十一日就任征夷大将军，同日位阶进入正二位，如此室町幕府正式成立。后醍醐天皇在建武三年(1336年)十二月二十一日秘密逃出京都，潜行至大和吉野，开设朝廷南朝与足利尊氏拥立的京都朝廷北朝对抗。如此两个朝廷和两个年号并立的南北朝六十年的内乱就此开始。
后醍醐天皇呼吁全国讨灭足利氏，派遣皇子、诸将在各地努力扶植收复京都的势力。作为对应，足利尊氏任命一族为守护配置于各国，关东、九州等前代以来的有力豪族拥有守护职的地方设置关东管领、九州探题与南朝势力对抗，以之做为全国支配的布局。
两军的战斗在各地展开。北陆方面，新田义贞进入金崎城，与本据地上野、越后联络开始活动。重视事态的足利尊氏让越前守护斯波高经、若狭守护斯波家兼兄弟负责对付新田义贞，并派执事高师直之弟高师泰作为后援。
高师泰等在建武四年(1337年)三月，攻陷金崎城，尊良亲王自杀，恒良亲王被捕。斯波军在此后与新田军激战。历应元年(1338年)闰七月的藤岛之战，新田义贞败死。奥州方面，北畠显家受到足利军的猛攻不得不放弃多贺国府。
建武四年(1337年)正月，转移到伊达郡的灵山，由于后醍醐天皇的命令再度踏上西上之途。同年八月，带领十万精锐出发。十二月导致在镰仓辅佐足利义诠的的斯波家长败死。历应元年(1338年)一月，到达美浓。于是足利尊氏派遣高师冬防御显家军，高师冬的军势在同国青野原大败。北畠显家军自此南进伊势，经伊贺向奈良进发，准备进攻京都。对此足利方的高师直率大军南下，二月，在般若坡击破北畠显家军，连战之末的五月，北畠显家在和泉石津败死。
北畠显家、新田义贞的相继阵亡，对于南朝方来说是极大的打击。后醍醐天皇为了挽回颓势，采用再次派遣皇子到各地的策略。同年九月，怀良亲王作为征西大将军下向西国，义良、宗良两亲王与北畠亲房及其次子北畠显信等下向东国。伊势出航的义良亲王一行，在途中遭遇暴风雨，义良亲王(后村上天皇)被吹回伊势，宗良亲王漂至远江国，只有北畠亲房成功到达目的地常陆。
进入常陆的北畠亲房为争取南朝的据点而奋斗，不久由于关东执事高师冬的东下逐渐受到压迫。康永二年(1343年)十一月，北畠亲房含恨返回吉野。自此之后，后醍醐天皇在历应二年(1339年)得病，八月十六日在吉野结束一生，义良亲王即位，也就是后村上天皇。
足利尊氏接到后醍醐天皇驾崩的通知后，十分感慨，立刻停止幕府的杂务沙汰七天表示哀悼之意。同年冬，为了吊唁天皇的菩提，在洛西之地创建天龙寺。历应四年(1341年)七月同寺竣工之时，足利尊氏与足利直义一起出席，亲自负责着土。自此南朝方逐渐丧失势力，贞和四年(1348年)正月，楠木正行在河内的四条畷败死，后村上天皇也逃往奥地的贺名生，南朝完全成为徒有其名的存在。
幕府内乱
此时足利方出现足利尊氏与足利直义兄弟的不和，发生内部纠纷(即观应之扰乱)，足利尊氏也因此一时向南朝投降。当时室町幕府中，足利尊氏将政务委托给足利直义管理，自己则以武士的栋梁的身份君临天下。然而不久幕府内部就引起了争斗。
以高师直为首的反直义派与直义发生了强烈冲突。贞和五年(正平四年，1349年)，高师直一派袭击了足利直义。直义逃往尊氏的邸宅中避难，但高师直包围了尊氏的邸宅，要求直义隐退。结果足利直义被迫出家退隐。尊氏也在此次事件中扮演积极的角色。
足利尊氏让自己的嫡子义诠从镰仓回到京都，代替直义之位，行使政务;次子基氏则代替义诠之位，封为镰仓公方，在东国设置镰仓府。直义退隐后，其犹子足利直冬(也是尊氏的庶子)在九州扩大了直义一派的势力，观应元年(正平五年，1350年)，足利尊氏出兵中国地方，讨伐直冬。足利直义趁机逃出京都并向南朝投降，桃井直常、畠山国清等直义派武将也纷纷追随。
直义势力强大，义诠战败，逃出京都。从京都回军的足利尊氏在打出滨之战中大败。尊氏以胁迫高师直、高师泰兄弟出家并流放外地为条件，与足利直义达成和解。次年足利尊氏与足利直义达成和议。足利尊氏让上杉能宪押解高师直一族流放外地，但由于杀父之仇的缘故，能宪在途中私自处决了高师直一族。
足利直义回到了幕府，管理政务，由足利义诠担任其副手。尊氏和义诠以讨伐谋反的佐佐木道誉、赤松则祐为由亲自出兵近江、播磨，实际上是就讨伐直义、直冬的问题同南朝方面进行讲和。
得知此事的直义经北陆道逃往镰仓。同年十月，足利尊氏同南朝讲和，废除了北朝朝廷，向南朝投降，史称正平一统。同时尊氏率军讨伐直义，进入东海道，在骏河萨捶山(今静冈县静冈市清水区)、相模早川尻(今神奈川县小田原市)等战役中击破直义，逮捕了足利直义并将他关押在镰仓。观应三年(正平七年，1352年)二月，足利直义突然死去。
就在足利尊氏离开京都的时候，南朝方面撕毁了和约，进攻室町幕府。宗良亲王、新田义兴、新田义宗、北条时行等支持南朝的军队袭击了尊氏，尊氏退往武藏国，但马上就反击并压制了关东的南朝势力，回到京都。此后足利直冬进攻京都，最终被击败，逃往九州。
文和三年(正平九年，1354年)直冬曾一度夺下京都，但次年就被尊氏收复。尊氏欲亲自讨伐直冬，但在延文三年(正平十三年，1358年)四月三十日背上长了肿瘤，在京都二条万里小路第逝世，享年54岁。遗骸被埋葬在洛北衣笠山的等持院。法号为等持院殿仁山妙义。关东方面则称为长寿寺殿，由尊氏创立的镰仓长寿寺是他的菩提所。相当于百筒日的同年八月十一日，足利庄的鑁阿寺大御堂为了祈冥福而进行曼荼罗供。
南北一统
足利义满贞治6年(正平22年、1367年)，二代将军足利义诠逝世，10岁的足利义满继任将军。1379年，反对细川赖之派的守护大名斯波义将、土岐赖康包围了义满的邸宅，要求罢免赖之。因此赖之被免去了管领一职，以斯波义将代之。
(康历政变)此后幕府中的人事全被斯波一派取代，斯波义将下达了讨伐赖之的命令。但足利义满却在翌年以赖之是元老为由赦免了他，让细川和斯波两派并存互相牵制，借此增强了将军的权力。1390年土岐赖康死后，美浓国的土岐氏陷入了内乱，义满下令讨伐土岐氏(土岐康行之乱)。
1391年，足利义满又介入了山名氏的内部纷争。当时山名氏兼任11国守护之职，时人称为“六分一殿”。义满巧妙地让山名氏清起兵，同年12月派兵讨伐他，史称明德之乱。而且义满在1378年阴历3月兼任右近卫大将，五个月后兼任权大纳言，受到了关白二条良基的支持，积极参加朝廷的事务;翌年就发生了兴福寺僧众抬着春日大社的神木入京强诉的事件。由于春日大社是藤原氏的家寺，朝中的藤原氏公卿十分畏惧，不敢入宫供职。义满认为自己是源氏后人，依旧出仕如前。此后义满扶持朝廷，对寺社势力进行严厉打击。
足利义满
足利义满超越了祖父尊氏和父亲义诠，先后升任内大臣和左大臣。而1382年后圆融天皇退位，亲义满的后小松天皇即位。后圆融虽名义上开设院政，但实权都归义满执掌。1383年担任源氏长者，兼任淳和奖学两院别当，受封“准三后”的称号，成为了公家和武家双方势力的首领，朝廷中几乎没有反对义满的势力。
1392年，南朝的势力不断衰退，南北朝统一已成为必然发生的事情。在大内义弘的中介下，足利义满与南朝谈判。最终以持明院统和大觉寺统交替继承帝位为条件，南朝的后龟山天皇退位，并将三神器交给后小松天皇。南北朝统一。
然而，在北朝后小松天皇得到三个神器后，宣布由自己的皇子实仁亲王继承皇位。被夺去了神器的南朝也只能屈服于北朝的统治。1393年，与足利义满不和的后圆融上皇逝世，义满的权力完全巩固。次年义满将将军之职让给了儿子足利义持，自己则隐居继续执掌政治。同年升从一位太政大臣，翌年出家。
应仁之乱
1467年，围绕将军继承问题，幕府内部形成分裂，细川氏与山名氏两大名的倾轧白热化。四职之一、身兼三国守护的赤松满佑因在京都自宅刺杀幕府将军足利义教(嘉吉之乱)而遭到亦为四职家之一、身兼五国守护的山名宗全(即山名持丰)率领之部队讨伐并平定。
战后幕府以山名氏平乱有功将赤松氏所属之三国守护授与山名氏。势力成长到八国守护的山名氏一跃成为西国的一大势力。此时三管领之一，身兼八国守护和和泉半国统治权的细川氏面对山名氏的崛起，决定采取联合山名对抗同为三管领的田山氏的政策。
足利义政
但随着田山氏的衰退，两家之间的冲突也浮现出来，尤其在三管领之中的斯波氏和田山氏两家陆续发生继承问题后，双方对立更加严重。一直到将军足利义政长子足利义尚诞生引发继承风波后，在应仁元年(1467年)1月17日，应仁之乱爆发，各守护分别选边支持，形成东军细川联军与西军山名联军的大混战。
战事一开始，由于东军争取到天皇与幕府将军支持，且聚集了相对优势的兵力，因此开战头几个月可说是占尽优势。
可是到了同年七月，中国地方四国守护大内政弘率领万余援助西军后，整个战况顿时改观。加上西军决定拥立将军足利义政之弟足利义视与京都当局相抗衡，让整个战局陷入胶着，日后更扩大为全日本的大混战。随着两军领袖相继去世和幕府将军继承纠纷解决后，两方决定和解，应仁之乱正式宣告结束。虽然应仁之乱后幕府威信受到重挫，但之后几任将军仍试图重振幕府威信，直到明应之变爆发的前刻。
长期的战争使得当时的京都百疮千孔，荒芜人烟，一些巨刹、邸宅多数为战火所毁。公卿们因为不堪生命之危险与经济之困窘，大多逃离京都，避难于地方。至此幕府权威完全扫地。当时的将军义政无意于政治，不仅在战乱中大兴土木，营造别墅银阁寺，还在戈矛声中饮酒作乐，过着风雅生活。其子义尚继位后，曾想重整幕府威势，却于亲征近江的六角高赖时阵亡。于是幕府之势已是风前之烛，岌岌可危名存实亡了。
战国分裂
应仁之乱之后，幕府无力镇压各地的大名。在战国时代这个特殊的年代里，守护代、国人以及与之相关的人们皆以实力而成了大名，并且竞相把分国领地纷纷扩大，相继各霸一方，成了战国大名，从而形成了群雄割据的分裂局面，此后的日本更是战火不停。
在关东，镰仓公方足利成氏不满关东管领上杉宪忠，进而将其暗杀。此举引发关东管领和公方的长期对抗，导致幕府派遣骏河守护今川氏前去讨伐而迫使足利成氏移往下总古河，成为初代古河公方。(享德之乱)战后关东出现得到关东管领上杉氏支持的堀越公方足利政知和得到北关东豪族支持的古河公方，彼此对抗了近三十年。
日后因山内上杉氏重臣长尾景春叛乱，使扇谷上杉氏趁机扩张自己的力量，促使山内上杉氏选择和古河公方和解来对抗扇谷上杉氏。而扇谷上杉氏为了对抗山内上杉氏，和伊势长氏结盟，使两方又陷入拉锯战中。1491年，因堀越公方发生内乱而被伊势长氏消灭，伊势长氏(即北条早云)的后北条氏因而实力大增。
不久后上杉定正猝死导致扇谷上杉氏转衰，后北条氏转而攻击扇谷上杉氏，并消灭相模三浦氏且占领小田原城，促成两上杉联合对抗后北条氏的新局面。后北条氏二代家督氏纲更入侵武藏国，取代旧有的足利、两上杉氏，成为关东地方最强的大名。
除了伊势长氏崛起于关东地方，成为新时代大名的代表外，日本各地也开始出现以下克上，甚至成为一方之雄的新强权。在中国方面，出云守护代尼子氏篡夺守护京极氏实权，日后其大名尼子经久更取代京极氏，成为出云守护。
在尼子经久生前，尼子氏扩张成与大内氏家督，因海外贸易而兴盛的大内义兴并驾齐驱，势力达十一国的中国双雄。在双雄争霸过程中，安艺国人毛利元就逐渐吸收尼子、大内的力量，日后乘大内氏内乱，在严岛会战中击倒大内氏权臣陶晴贤，成为中国地方的新霸主。
此外，美浓守护土岐氏亦遭到重臣长井规秀的驱逐而衰败，长井规秀日后继承斋藤氏，改名为斋藤秀龙，法号“道三”(斋藤道三)。在东海，尾张守护斯波氏亦大权旁落，由守护代岩仓与清洲两织田氏取而代之，而清洲织田氏旗下重臣织田信定、织田信秀父子日后取得实权，在织田信长继承家业后，更完全取代斯波氏、岩仓织田氏与清洲织田氏，成为尾张一国之主。
以下克上
在日本战国时代，以下克上崛起的新兴势力，和旧有豪门间的对立从未停歇，但最惨烈的莫过于是将军足利义辉被弑一事。明应之变中被管领细川氏罢黜将军一职之足利义材，日后得到中国大名大内义兴的支持，在成功推翻将军足利义澄后，改名足利义稙并复职为将军。因足利义稙无子，故认养前将军义澄次子足利义维为养子。
1518年，大内义兴返回所属领国，失去庇佑的足利义稙不敌管领细川氏，而辞去将军一职，由前将军义澄长子足利义晴接任。而义晴因与管领细川晴元长期失和，在1546年辞退将军一职，由长子足利义辉接任第13代将军。足利义辉立志重振幕府声威，不但多次积极调停诸大名之间的纷争，更邀请上杉谦信、织田信长等大名上洛谒见幕府将军。
此时管领细川氏遭到权臣三好长庆夺权，把幕府当作傀儡而掌握实权，成为当时有力大名之一。三好长庆死后，其重臣松永久秀、三好三人众决定要罢黜将军足利义辉，1565年，三好三人众及松永久秀的叛军包围义辉所在之二条御所，虽然足利义辉因为得到名剑客上泉信纲与冢原卜传等人传授剑术，而有剑豪将军美名，但依旧寡不敌众而被弑，他们拥立足利义维之子义荣为第14代将军。足利义辉死后，室町幕府就此完全失去实权，也失去中兴的机会，直到幕府灭亡。
战国时代伴随着激烈的冲突。关东地区有两位强大的大名——武田信玄和上杉谦信。武田和上杉两军于1553年、1555年、1557年、1561年，以及1564年前后十二年间，围绕着信浓境内的领地问题，在善光寺平附近，以犀川、千曲川汇流处的冲积平原(即“川中岛”)为中心的区域，分别发生五次战争或对峙。
其中爆发于1561年10月17至18日(永禄四年9月9至10日)的第四次对阵(八幡原之战)，是战况最为激烈的一次，也是日本战国时代参战双方伤亡率最高的战役之一。西国的毛利元就处在大内和尼子两强大势力中间，但作为一代智将的他迅速崛起，消灭了大内和尼子，成为了西国霸主。
幕府灭亡
织田信长为尾张国(今爱知县北部)的大名。他以尾张一国的战力，在桶狭间以三千军击败并斩杀领有骏河、远江、三河三国，率领约两万五千大军的名将今川义元(桶狭间之战)而崛起。战后他选择和邻国三河的德川家康结盟，把扩张领土的目标放在大名斋藤龙兴统治之美浓国上。初期织田信长攻略美浓进度相当迟缓，直到织田信长靠着成功促成斋藤氏重臣美浓三人众的倒戈，局势才开始有了转变。
1567年9月，织田信长攻陷美浓稻叶山城，将稻叶山城改名为岐阜城，并制作天下布武朱印，开始统一日本之路。隔年成功拥立第15代将军足利义昭，在盟友浅井长政的帮助下，完成上洛的目标。
1570年将军足利义昭，不满织田信长无视幕府的态度，暗中与本愿寺显如、武田信玄、上杉谦信、毛利元就、浅井长政、三好三人众与朝仓义景等诸大名联盟，形成所谓的“信长包围网”，打算联合对抗并消灭织田信长。1571年，织田信长以比睿山延历寺包庇与其敌对之浅井、朝仓两大名，杀入山中将比睿山延历寺焚毁，此举引来武田信玄等人之批评，是信长生前引来较大争议的事件之一。
1572年，武田信玄发动军队攻打德川家康的根据地远江国、三河国，以图进京，并在三方原击败德川、织田联军(三方原之战)。隔年5月，武田信玄于信浓国驹场病故，死前决定继承人是其孙武田信胜，并由信胜之父武田胜赖担任阵代一职。
1573年，织田信长与幕府将军足利义昭正式决裂，信长强攻幕府所在地二条御所，并逮捕义昭，将其流放至河内国若江城，室町幕府宣告灭亡。日本战国时代前一百年的室町时代在此划下句点，日本进入安土桃山时代。
政治
军统政务
室町幕府在行政方面由将军综理一切政务。其下设“管领”，以辅佐将军，一般由足利氏一族的斯波、细川、畠山三氏轮流担任，谓之“三管领”。管领之下有侍所、问注所，政所等机构，而以侍所最为重要。侍所的首长称“所司”，由山名、一色、京极、赤松四氏担任，谓之“四职”，负责御家人的统治与行政诉讼。
“问注所”的首长称“执事”，此机构除保管幕府的记录、文件外，也负责文书的误谬、伪证以及证件遗失等诉讼的审理工作，执事由三善氏子孙世袭。政所首长也称“执事”，此机构与镰仓幕府的政所有所区别，它只主持幕府财政，审理有关买卖、借贷、质押等方面问题。最初执事一职由二阶堂氏担任，后来则由伊势氏世袭。虽有“执事代”辅佐，但伊势氏却又别置“政所代”，使之负责实务，由蜷川氏世袭这一职位。此外又与前代一样设有“评定众”、“引付众”。
地方管制
地方上，在镰仓方面设有“关东御所”，其下有“关东管领”。关东御所原由尊氏长子义诠负责，后来改有次子基氏及其子孙世袭。除守护由将军任免外，其它关东方面的事物均委诸“关东管领”。关东御所下设有“关东管领”、“评定众”、“引付方”、“政所”、“问注所”、“侍所”等，几乎与幕府相同。在九州设有“九州探题”，东北地方设有“奥州探题”和“羽州探题”。
与镰仓幕府一样，在诸国置“守护”和“地头”，惟其性质两者有异。镰仓幕府的守护与地头都是幕府将军的御家人，两者之间形成主从关系。室町时代守护大多由足利氏同族和有力家臣担任。他们一方面拥有裁判诉讼、处理无主田地、征收税款、催促兵役的权利，同时不断侵吞庄园，将领国的国人变成自己的家臣团，逐渐发展为守护领国的守护大名。
在财政方面，由于室町幕府对守护、地头的统治并不彻底，所以其经济主要来源于分散各地的约二百余处的直辖地“御料所”，由将军近臣“近习”、“奉公众”以“代官”身份负责管理，并代征“年贡米”、“年贡钱”，作为将军家的生活费用与“代官”的俸禄。必要时，虽也向诸国守护、地头课税，但他们未必从命。
因此不得不在畿内的交通要道设“关所”,征收“关钱”，或在渡口收取“津料”。并且对京都内外的“土仓”(当铺)与“酒屋”(酒坊)课征“仓役”、“酒屋役”。还经各地守护、地头向“公田”征收“段钱”，向“在家”之民征收“栋别钱”。如临时有事而经费不足时，也向“有德人”(富豪)告贷。所以室町幕府的财政自始至终很不稳定。为了解决经济拮据问题，与明朝进行“勘合贸易”，也逐渐成为幕府的重要财源。
经济
农业
在室町时期，农业仍居各种产业之首，并且又因农民生活的提高，一些原为隶属民的“下人”、“所从”等因获得解放，生产积极性大为提高。而随之的技术进步、农具改良、肥料种类多样化、商品作物需要量增加等因素，也促进了农业的发展，弥补了不少因战乱而带来的损失。
随着地租由劳役、杂徭形式改为实物以后，农村的各种产品加工业也兴盛起来，并且因技术人员增加与产品需求量扩大，手工业呈现一派繁荣景象。在农耕器具制作、住宅建筑方面，除了为领主服务外，还能够满足一般农民的需要。原来属于公卿、神社、寺院的手工业者也开始独立生产一般社会人士所需的产品，各地也逐渐形成了手工业生产中心。
工业
在工业方面，需要量最大、技术工人最多的首推冶炼、铸造、纺织三方面。其中冶炼、铸造不仅供应农民所需的劳动工具，也是各类兵器的生产地。除此以外，由他们制造的刀剑还是对外贸易的主要商品之一。在纺织业方面，值得一提的就是麻与绢。“应仁之乱”前的京都曾是纺织业的中心，京都西阵的丝织业已全国有名。
手工业
随着手工业的发达，产品的增加，不同产品之间的交换也日趋频繁。农村集市也从临时变为定期，一向每月三次的定期市场——“三斋市”从室町时代中期开始，改为每月六次的“六斋市”。市场上出现了专卖特定商品的摊位--市座。市场管理也有原来的领主变为“町人”，建立了“乐市”，撤去了市场税与具有独占性的贩卖坐席。随着定期市场的普及，出现了常设的零售店，商人也正式成为一种崭新的职业。
滥觞于平安末期的“座”，经过镰仓时代，到室町时代已是非常普及，越是经济发达的地方越多。这种行业协会在商品买卖、关卡自由通行方面均享有特权。由于“座”的普及与发达，行业种类也随之增多，分工也越来越细，促进了商品质量的提高。
“应仁之乱”后，随着入“座”商人的增多，这种带有封闭性质的协会便成为自由通商的障碍。在战国时期，由于武士势力增大，“座”的性质已有改变，助长了“座众”的自由化。迄止近世，则因“乐市”、“乐座”运动而大部分“座”都已解散。
运输业
室町时期的交通因商业活动的隆盛而快速发展，并且在都市附近出现专门为顾客搬运商品的运输业“马借”、“车借”。海上交通出现了驳船，容积达千石的也不少。在陆上，除一般商旅往来外，一般民众出外旅行，特别是巡礼神社的也逐渐多了起来。
室町时期都市出现了以下几个特点：
(1)以大名所居城堡为中心形成了集政治、经济一体的城下町。
(2)随着港埠发展，形成港湾都市--港町。
(3)随着宗教民众化而以寺院为中心发展起来的都市--门前町。
(4)因驿站而发展起来的都市--宿场町。
(5)因商业活动昌盛而兴起的经济都市--市场町。当时的大都市则有政治都市京都、镰仓，宗教都市奈良等。
文化
哲学
室町文化是日本国内诸种文化融汇而成。在这一时代，文化气象日新月异，在传统公家文化的基础上，武家文化独树一帜。此外，国人、农民乃至町众地位日益上升，由此而催生出了丰富多彩的庶民文化。
后醍醐天皇在做皇太子的时候，就喜好钻研佛教与儒学。在玄惠法印进入宫廷讲授儒学之后，实际上已经开始传授重义理的朱子学。后醍醐天皇对朱子学的看重是有其长远政治目的的，他希冀以朱子学的名分论为号召，鼓动更多公卿、武士起而勤王，趁幕府衰弱之际，夺回已失去的权利。后醍醐天皇不仅在宫中宣扬朱子学，而且利用儒学讲坛作为掩护，纠合亲信秘密进行倒幕的组织准备。所以说，日本历史上的“建武中兴”与朱子学有着密切关系。
北畠亲房是忠于南朝的重臣。他在后醍醐天皇病逝后的1339年写成了《神皇正统记》，其根本意图在于说明南朝统治的正统性。他在书中写道，日本的皇统连绵是日本乃神国的体现，皇室正统的来源在于其祖先就是神。书中“以有德者继承为正统”的观点，也是受别国思想影响的结果。
参与足利尊氏施政性纲领《建武式目》制订的人，有原镰仓幕府的“平定众”是圆、真惠，奉行太田七郎左卫门、明石民部大夫行连、布施彦三郎入道，儒学者日野藤范、玄惠法师等。《建武式目》主要内容有禁奢侈、行俭约、镇暴行、止贿赂以及选贤者任官等等，显然是以儒学为指导思想。
文学
自从平安时代以公卿为中心的儒学式微以后，代之而起的就是以五山禅僧为中心的禅林儒学。因佛教经典都是以汉文书写，所以汉学乃成为僧侣的必修课程。然而这一时期的汉学，乃是以探讨性理之学的宋学为主。禅僧兼学宋学，除了传播禅宗的需要外，还出自禅宗内部生活的日常需要。
禅林的日用文书多用汉字“骈文”体。这种骈俪体的四六文，经常要引经据典，除引用禅宗语录外，还引用大量儒典、诸子百家乃至中国文学作品。要应付五山的日常生活，禅僧不仅要学会写四六骈文，还要熟记许多经典。因此，五山汉文学空前兴隆。当时五山禅林颇与中国相似，尤崇尚华风生活，其所撰的诗文也有与元明文人并驾齐驱者。
御伽草子这类作品以老弱妇孺为对象，多为通俗易懂的短文，内容大抵是拟人化的神话、传说、童谣、怪谈之类，宣扬无论出身贵贱，只要有才华就能出人头地，反映了庶民的呼声与祈望。
连歌最初属于和歌之余技，因其题材表现新鲜、自由，后来独立成为一种大众喜爱的民众文艺，为江户时代俳句的产生奠定了基础。
大约在12世纪前后，中国汉代的散乐传到日本后形成为猿乐，到了室町时期经观阿弥、世阿弥父子的改良创新，演化为能乐。能乐是一种博采众长的复合艺术，至今依然保留许多中国文化的要素，其将近三分之一的曲目取自中国题材。与能乐相比，狂言的庶民性就更为明显，题材大都取自日常生活，内容滑稽可笑，追求一种诙谐、通俗、娱乐的效果，往往与能乐同台演出。
建筑
北山文化的象征是足利义满建于京都的金阁，它所体现的是传统的公家
足利义满金阁文化与禅宗文化的两相兼容。同时，它又受到来自明朝的深刻影响。在这种文化中，既包含当时将军、守护等上层阶级的趋向，也反映了从前代开始同大陆有着密切交流的临济宗受到幕府的保护，被将军家确立为“五山之制”而日渐隆盛的史实。
东山文化的象征是足利义政在京都左京区建造的银阁。银阁系两层建筑，下层为书造，上层为唐风楼。东山文化继承了北山文化的传统，但较之北山文化的华丽色彩，它更尊重风雅处世的精神，追求枯淡幽玄之境界。
建筑的典型是城郭，它的特点是集办公与居住于一体，除防御工事外，其外围有数道护城壕与石垣高筑，雄伟壮丽，它是城主权利的象征，其代表为天主阁。二是住宅的建筑，则流行“书院造”，聚乐第、大德寺唐门可为其代表。
茶道
中国茶的东传可以追溯到遣唐使时代，然而饮茶习俗真正在日本流行，得益于荣西撰写的《吃茶养生记》(1211年)。16世纪千利休倡导“佗茶”，日本独特的茶道才成型。日本茶道崇尚“和敬清寂”的境界，茶室基本属于书院样式。
军事
室町幕府时期，其他幕府机构权利被压缩，而侍所权利更为扩大，除了负责协助将军管理下属的生死赏罚外，侍所甚至负责管理如京都等心脏城市的警备，进一步扩大了权利，势力已经深入到全国方方面面，不再仅仅停留在武家权力机构体系内。
在室町幕府时期，侍所长官的职位由足利氏将军分家一色、山名两家和“创业”功臣中的赤松、京极两家中的家主负责担任，这四家被称为“四职”，位高权重，全是实力强大的拥有数国领土的守护大名，他们与担任室町幕府管领斯波氏、细川氏、畠山氏(斯波氏、细川氏、畠山氏被称为“三管领”或者“三职”。)并称“三管领与四职”，是室町幕府的权力核心。到后来，室町幕府的将军实力弱化以后，担任侍所长官的守护为了各自利益，常常利用职权调集军队大打出手，开启了天下大乱的日本战国时代。
民族
古代日本对于琉球等其他周边民族、国家也持鄙夷态度，大宝律令中将日本周边的虾夷、隼人以及琉球等视为“夷狄”，不受天皇恩泽感化。
