基本上双方都“输”掉战争：两方皆未赢得决定性的胜利，反而两边的死亡人数都趋近2000人。
这场战争导致中美洲共同市场停摆12年，这是个由美国大力推动的区域整合计划，以作为对抗古巴革命影响的工具。
两国军方的政治影响力大幅增加。战争之后的萨尔瓦多国会选举，国家调解党(Partido de Conciliación Nacional，简称PCN)自军方阵营里成立。由于他们为军事冲突扮演的角色道歉，而成功囊括了全国与地方选举。
战后，萨尔瓦多的社会情形恶化，政府无法满足从洪都拉斯回国的人民经济上的需要，土地压力也再次凸显，导致社会动荡，这也是之后萨尔瓦多爆发内战的重要原因。
