两国的外交关系急速恶化导致战争爆发，而双方的军事政府都期望以一个方便的理由吸引他们国民关心政治。双方的国营媒体都鼓励仇视对方，最后导致成千上万的萨尔瓦多劳工被驱离洪都拉斯，其中包含辛勤工作的工人与长期定居的移民。
这种突如其来的紧张关系最后导致双方的军事冲突，并将两国国民的注意力转移出去，从而使双方军队重整武装，摧毁了以中美洲共同市场(Mercado Común Centroamericano，简称MCE)为代表的中美洲经济整合，而此整体又建立在较富裕的萨尔瓦多及土地较多的洪都拉斯得利的原则之上。
这起冲突爆发的背景，是萨尔瓦多与洪都拉斯之间的陈年争议，而不仅仅是过度狂热分子或民族主义情感。冲突根源是萨尔瓦多过度开发土地对社会造成的地理与人口分裂：富裕的地主掌控了萨尔瓦多的主要农地，因而造成长期以来贫困农民移居萨尔瓦多与邻近洪都拉斯之间的广大土地。
1969年，洪都拉斯决定分配土地给洪都拉斯农民，同时没收萨尔瓦多农民的土地，而这些农民已以此土地维生达数代之久。此举引发萨尔瓦多农民的返国潮，从而造成促发政治与社会动乱的紧张关系。萨尔瓦多的社会保守主义分子担心返国后会强化土地改革的声浪，而军事领导者则担忧农民的改革主张无法得到满足，从而发动游击行动。1969年6月，在世界杯资格赛中，萨尔瓦多和洪都拉斯争夺最后一席出线权。洪都拉斯队主场先胜一局，萨尔瓦多球迷抱怨在洪都拉斯受到粗暴对待。第二局在萨尔瓦多举行，萨尔瓦多队赢。这次，萨尔瓦多球迷也对洪都拉斯人还以颜色。决胜局在墨西哥举行，萨尔瓦多队以3比2险胜。洪都拉斯随后发生大面积殴打、驱逐萨尔瓦多移民和抢掠财产的暴力事件。6月27日，两国宣布断交，双方关系急速恶化。
