卢卡雅战役之后，坦桑尼亚联军一路向西进逼坎帕拉，途中几乎没有遇到什么抵抗。至3月底，乌干达军队已经濒临彻底崩溃的边缘，而驻扎在恩德培的利比亚军队也苦陷于坦军的重围中。卡扎菲不忍心失败，还于4月1日派遣了一架图一22B轰炸机投下大量炸弹意图轰炸坦军，但是却没有一枚炸弹击中目标。与之相比较，坦桑尼亚空军连续多天出动歼一6和歼一7战机，轰炸坎帕拉、金贾、托罗罗等战略城市，基本上消灭了乌干达军队和利比亚军队的有生力量。坦桑尼亚联军一举拿下了恩德培。
连续的轰炸使坎帕拉的平民纷纷逃离，50万人的大城市顿成空城。3月27日，阿明已经仓皇逃离了坎帕拉，直奔乌干达第二大城市金贾。4月10日，坦桑尼亚联军攻占坎帕拉，在坎帕拉，也只是遇到零星抵抗。乌坦战争最终以坦桑尼亚的彻底胜利告终。
利比亚军队在失败后撤退到金贾，联军占领金贾后，利比亚军队被遣返，途径肯尼亚和埃塞俄比亚，回到利比亚;至于伊迪·阿明——乌干达前总统，被迫流亡海外，他带着四个妻子、数名情妇、以及20多名子女逃亡到利比亚开始其流亡生活，由于他的保安跟当地警察发生冲突，阿明被迫离开，先短暂至伊拉克，及后定居在沙特阿拉伯。
坦桑尼亚军队在战争结束后继续驻留在乌干达，一直到乌干达组织民主选举，国家程序恢复正常为止。
