乌干达在阿明被推翻之后的一段时间，政治依然动荡，各党派和民族之间的权力斗争严重。1979年4月13日，前大学校长优素福·卢莱教授被坦桑尼亚推举为临时总统。6月份，由于总统权力大小的争议，国家协商委员会委任戈弗雷·比奈萨取代卢莱出任总统。1980年5月12日，比奈萨又被以保罗·穆万加为首的军事委员会撤职。乌干达随后由总统委员会领导，委员包括保罗·穆万加、约韦里·穆塞韦尼、奥伊特-奥乔克和蒂托·奥凯洛。同年12月，战后的首次总统选举举行，前总统米尔顿·奥博特当选。不过选举存在争议，约韦里·穆塞韦尼声称奥博特是通过选举舞弊上台的，并宣布与政府决裂，带领他的支持者回到乌干达南部与西南部的大本营后，组成了人民抵抗军，用游击战与政府对抗，史称“丛林战争”，直到1986年穆塞韦尼推翻奥博特之后，乌干达局势才大致回复稳定。
坦桑尼亚
坦桑尼亚打了一场胜仗，却付出了不少的代价。战争对坦桑尼亚造成了短期内难以恢复的破坏和带来了庞大的军费开支，此外战后乌干达政局不稳，使坦桑尼亚必须在乌境内保持较长时间的驻军担当维和角色，这些都令到坦桑尼亚的国库空虚。几年后尼雷尔总统就因为国内经济的衰退而辞职。
历史意义与地缘政治影响
乌坦战争也是近代以来，非洲大陆上第一次由一国武力推翻另一国政权。虽然对于坦桑尼亚来说是自卫还击，但是战争的继续和推翻阿明毕竟严重侵犯了乌干达的主权。这受到部分国家的猜疑和担忧。因此，在战后一段时间中，坦桑尼亚与其他邻国如扎伊尔、肯尼亚的关系一度有所恶化。
