经过一番腥风血雨的争夺，刘秀终于登上帝位，成为东汉的开国皇帝。但是开始的一段时间他非常忧郁。群臣见皇帝不开心，一时议论纷纷，不明所以。
一日，刘秀的宠妃看到他十分忧郁，怯生生地进言说：“陛下愁眉不展，妾深为焦虑，妾可否为陛下分忧?”刘秀苦笑一声，怅然道：“朕忧心国事，你如何分忧?俗话说，治天下当用治天下之才，朕是忧心朝中功臣武将虽多，但治天下之才太少了，这种状况不改变，怎么行呢?”宠妃于是建议说：“天下不乏文人大儒，陛下只要下诏查问、寻访，终会有所获。”刘秀深以为然，于是派人多方访求，重礼征聘。不久，卓茂、伏湛等名儒就相继入朝，刘秀这才高兴起来。
刘秀任命卓茂做太傅，封他为褒德候，食两千户的租税，并赏赐他几杖车马、一套衣服、丝绵五百斤。后来，又让卓茂的长子卓戎做了太中大夫，次子卓崇做了中郎，给事黄门，伏湛是著名的儒生和西汉的旧臣，刘秀任命他为尚书，让他掌管制定朝廷的制度。
卓茂和伏湛深感刘秀的大恩，他们曾对刘秀推辞说：“我们不过是一介书生，为汉室的建立未立寸功，陛下这般重用我们，只怕功臣勤将不服，于陛下不利。为了朝廷的大计，陛下还是降低我们的官位为好，我们无论身任何职，都会为陛下誓死效命的。”刘秀让他们放心任事，心里却也思虑如何说服那些朝中功臣。他决心既定，便有意对功臣们说，“你们为国家的建立立下大功，朕无论何时都会记挂在心。不过治理国家和争夺天下不同，朕任用一些儒士参与治国，这也是形势使然，希想你们不要误会。”
尽管如此，一些功臣还是对刘秀任用儒士不满，他们有的上书给刘秀，开宗明义地表达了自己的反对之意，奏章中说：“臣等舍生忘死追随陛下征战，虽不为求名求利，却也不忍见陛下被腐儒愚弄。儒士贪生怕死，只会搅动唇舌，陛下若是听信了他们的花言巧语，又有何助呢?儒士向来缺少忠心，万一他们弄权生事，就是大患。臣等一片忠心，虽读书不多，但忠心可靠，陛下不可轻易放弃啊。”
刘秀见功臣言辞激烈，便重视起来。他把功臣召集到一处，耐心地对他们说：“事关国家大事，朕自有明断，非他人可以改变。朕是不会人言亦言的。你们劳苦功高，但也要明白‘功成身退’的道理，如一味地恃功自傲，不知满足，不仅于国不利，对你们也全无好处。何况人生在世，若能富贵无忧，当是大乐了，为什么总要贪恋权势呢?望你们三思。”
刘秀继位的第二年，就开始逐渐封赏功臣。封候的功臣地位尊崇，但刘秀很少授予他们实权。有实权的，刘秀也渐渐压制他们的权力，进而夺去他们的权力。大将军邓禹被封为梁侯，同时担任掌握朝政的大司徒一职。刘秀有一次对邓禹说：“自古功臣多无善终，朕不想这样。你智勇双全，当最知朕的苦心啊。”邓禹深受触动，却一时未做任何表示。他私下对家人说：“皇上对功臣是不放心啊，难得皇上能敞开心扉，他还是真心爱护我们的。”
邓禹的家人让邓禹交出权力，邓禹却摇头说：“皇上对我直言，当还有深意，皇上或是让我说服别人，免得让皇上为难。”邓禹于是对不满的功臣一一劝解，让他们理解刘秀的苦衷。当功臣们情绪平静下来之后，邓禹再次觐见刘秀说：“臣为众将之首，官位最显，臣自请陛下免去臣的大司徒之职，这样，他人就不会坐等观望了。”
刘秀嘉勉了邓禹，立刻让伏湛代替邓禹做了大司徒。其他功臣于是再无怨言，纷纷辞去官位。他们告退后，刘秀让他们养尊处优，极尽优待，避免了功臣干预朝政的事发生
