1933年10月1日，凯塞林很不情愿地离开了陆军，出任航空军需管理部门主管(Reichskommissariat für die Luftfahrt)，并晋升为上校。作为部门主管，凯塞林不得不四处寻找人手充实自己的部门。他参与重建了德国的航空工业，兴建秘密工厂，他与财政部合作为空军编造了多达几百万的预算，监督飞机的生产，并准备所需经费。凡是一切：不动产——包含飞机场、营房和其他军事设备等的建筑，都是由他计划和实施的。而空军的文官，雇员积工人等人事问题也是属于他的工作范围。由于他对建设空军的艰苦工作与优越成绩，他在1935年优先晋升为少将;并在1936年晋升为中将。像纳粹德国的其它将领一样，凯塞林也从希特勒那里领取私人津贴，他领取的6000马克在当时绝非小数目。
在航空部门任职时，凯塞林逐渐意识到，要管理好飞行员，就必须要有关于飞行各方面的第一手知识。因此，在48岁时，他开始学习飞行。虽然说，他的学习成果既赶不上资深飞行员，亦不及新进飞行员，但他并不在意，并以之激励自己。凯塞林能够驾驶多种单引擎和多引擎飞机，每个星期都会飞上个三四天。
当空军第一任参谋总长瓦尔特·威弗尔将军于1936年在德累斯顿上空飞行失事后，凯塞林奉派为继任人。凯塞林中将个性强悍，并不特别善於与人相处，尤其不买米尔希的帐。艾尔哈德·米尔希虽然非常能干，而且同时拥有航空部国务秘书，空军副总司令，和空军总监头衔，还有航空兵上将军衔，但是在凯塞林看来，米尔希不是真正的军人出身，只是等因奉此的文员而已，应该管好自己那一摊行政工作，不要干涉军队事务。1936年，米尔希因为空军第3训练大队辖下训练事故太高，准备军法审判大队长汉斯·耶顺内克少校，被总参谋长凯塞林一口拒绝。凯塞林甚至敢当面教训米尔希“管你自己的民航去” 。后来英国高级军事代表团访德，凯塞林指责米尔希有叛国言行，理由是米尔希告诉英国人的东西太多了。米尔希那方面姿态倒是比较高，至少后来在人事安排方面，没有给凯塞林来个秋后算帐。赫尔曼·戈林呢?他把米尔希看作对自己总司令地位潜在的竞争者，乐得米尔希与凯塞林不和，装做看不见，来个撒手不管。
在凯塞林的一年总参谋长任期内，德国空军有三件大事。他上任三个星期，西班牙内战爆发，德国空军组建兀鹰军团开赴西班牙，在战争当中总结了许多宝贵的经验。另一个成就，是在凯塞林任期内空军创建伞兵部队，后来成为战争中的精锐。其他空军地面部队，像高炮、探照灯部队也急速发展。凯塞林作为空军参谋长办的第三件大事影响深远，他停止了威弗尔任期内上马的容克89，道尼尔19两项四引擎远程战略轰炸机项目。也许是凯塞林一开始在空军主管预算和后勤的背景关系，他对所谓“乌拉尔轰炸机工程”所需要耗费的巨额原料，燃料，和人力有相当清醒的认识，上任伊始就强烈主张Ju89和Do19两个项目下马。这次，米尔希与凯塞林难得地观点一致，一拍即和，从此直至二战初期，德国空军再也没有认真发展过战略轰炸机。可以说，德国空军向单纯战术空军转变的进程，由凯塞林始。他与汉斯-于尔根·施通普夫两人时常被指为导致德国空军发展不齐全、过于注重密接支援而忽略战略轰炸能力的元凶。不过，近接地面支援行动的主要倡导者其实是两名资深专业飞行员——胡戈·施佩勒和汉斯·耶顺内克。因此，德国空军之所以较多地参与陆地支援行动，并非是由于来自陆军的压力，或是缘于空军的领导者出身于陆军(比如凯塞林)。事实上，截击和密接支援行动比较符合德国空军既有的战争观念，即进行地空协同的联合作战，而不是独立执行战略任务。此外，德国空军的许多指挥官都相信，中型轰炸机已经足以针对德国最有可能的敌人——英国和法国，执行战略轰炸任务了。
还是在1937年，空军总参谋部直接向戈林汇报。米尔希则作为航空部国务秘书主管民航和一切空军的行政事务，因为他还保有空军副总司令和空军总监职务。这样至少从隶属关系上讲，凯塞林作为空军总参谋长，取得了和米尔希平行的地位。与凯塞林和米尔希地位平行的，还有恩斯特·乌德特主管的空军装备研制采购部，也直接向戈林负责。
凯塞林是个比较单纯的军人，他很快就厌恶了和米尔希在空军内部针锋相对的权力斗争，一年以后主动辞职。卸任之后，凯塞林晋升航空兵上军军衔，被任命为驻德累斯顿的空军第三军区司令。由于空军的改组，凯塞林在1938年4月1日接手空军第一军团，后来又改称第一航空队司令。这一职位上，凯塞林将军已把他的学识运用到实际工作上去。他的部队高度训练水准已经在占领苏台德区和捷克斯洛伐克时显示了极大的成功。
