伯罗奔尼撒战争后，斯巴达人留下了名将莱山德(Lysander)主持雅典的重建。在他的扶植下，雅典的“三十僭主”再次粉末登场(前403年)。这批贵族寡头一上台就开始反攻倒算，大量处决敢与他们作对的民主派，短短八个月内，有超过1400人被处决，雅典后期的风云人物阿基比阿德斯(Alcibiades)也被缺席判处流放。(色诺芬就是站在僭主一边的，因此僭主倒台后，他也很快去当波斯人的雇佣军了)
底比斯此时大概已建立了类似雅典早期的民主政体，国内有九执政官、百人议会等机构，同样是贵族派、平民派党政不休。在斯巴达战后飞扬跋扈之时，底比斯早有不满之心。此时恰逢雅典民主派大量逃亡，底比斯人不计前嫌，敞开国门收留了这批他们，为雅典民主政保留了一丝火种。雅典将军Thrasybullus在底比斯人的支援下，重新集合同情民主派的军队杀回雅典。在一番谈判后雅典重新建立了民主政体。第二提洛同盟的成立，雅典的再次复兴也都是在这之后的事情。因此，说底比斯人对雅典有再造之恩也不足为过。两邦从此也冰释前嫌，关系愈发密切。
在这一阶段，斯巴达当政的国王是阿格西劳斯二世Agesilaus II(前399年-360年在位，这是一位富有传奇色彩的勇士，真正的斯巴达人，他的故事甚至可以单独再写一篇传记，只可惜此篇是底比斯简史。)。阿格西劳斯不满足于波斯人对希腊的颐指气使，公开与反抗波斯人。他甚至组织大军对波斯进行了远征(远征军中就接收了刚刚撤回希腊的“万人远征军”)。此时早已江河日下的波斯帝国对付一万孤立无援的雇佣军都已力不从心，面对斯巴达国王的御驾亲征更是吃不消。
于是波斯人又祭起了老手段：金元外交。大批的使者带着黄金奔向了希腊，希望能造成希腊本土的战事，让阿格西劳斯王后院起火。底比斯人热情地接待了这些使者。早已不甘寂寞的他们与波斯人一拍即合。不过底比斯人不愿承担挑起战争的骂名，于是他们唆使自己的盟友罗克里斯人(Locrian)入侵佛基斯(Phocis)——一个斯巴达盟友。这样，双方既能名正言顺的派兵参战，又能依靠同盟的神圣义务免除自己挑起战争的罪名。同时，底比斯人派出使者前往雅典求援，基于对斯巴达人的共同敌对，波奥提亚同盟与雅典建立了永久的同盟关系。
斯巴达人认为这是一个惩罚底比斯人的好机会，虽然此时他们的精兵都被阿格西劳斯国王带去波斯未归，手下算得上能良将的也就只有莱山德(此人由于册立阿格西劳斯、征服雅典，功高震主，兼有些趾高气昂，在国内已然树敌无数)。但他们依然决定兵分两路，让莱山德自引一军渡过科林斯海峡进入佛基斯，南下攻打底比斯;另一军由斯巴达另一位国王波桑尼阿斯Pausanias亲率，由斯巴达本土经科林斯地峡向底比斯挺进。两军相约会师于波奥提亚小邦Haliartus城下。
不过波桑尼阿斯由于种种原因在伯罗奔尼撒地区耽搁了几天。率先抵达Haliartus的莱山德苦等援军不到，煽动城内叛乱又没有结果，只好自己独力向Haliartus的城墙发动进攻。但他不知，早已有一支与他规模差不多的底比斯军队埋伏于附近。一听到战斗的动静，这支底比斯军队立刻向Haliartus城增援。两军在城下一番激战过后，斯巴达军队溃散，名将莱山德竟然阵殁于此，尸体被底比斯人抢得。不过底比斯人追击的过于深入，进入了一片地形复杂的区域，斯巴达败兵重新结阵反击，给底比斯人以重创。这一反击虽然沉重打击了底比斯人士气，但斯巴达军折一大将，群龙无首，败军竟然三三两两的各自溃逃回自己的城邦了。
数日之后，姗姗来迟的波桑尼阿斯才抵达Haliartus。既然莱山德兵败身死，会师合击之策已失去意义，波桑尼阿斯也无心恋战。他向底比斯人请求包括莱山德在内的阵亡战士的尸体并提出停战，底比斯人答应了请求并提出要求他率军退出波奥提亚地区。至此，Haliartus战役结束。
虽然有了停战协议，但这这远远没有结束。波桑尼阿斯回国后遭到指控，认为他私自定下的这一停战条约背叛了自己的城邦，因此，这位斯巴达国王被处以流放，躲身于一神庙内苟延残喘。停战条约被撕毁，科林斯战争正式爆发(前395年，主要是因为战争后来主要是围绕在科林斯地峡以及周边海域进行的，因此得名)。科林斯、阿哥斯这两个希腊大邦也相继加入底比斯，与之形成同盟，并在科林斯建立了一个同盟议事会处理盟务。优卑亚、琉卡斯、阿开那尼亚，安布累喜阿、卡尔西斯等先后加入反叛行列。
翌年，首战得胜的底比斯人联合雅典、科林斯、阿哥斯等盟友，集合大军于科林斯境内准备进攻伯罗奔尼撒。斯巴达方面也组织了一支旗鼓相当的部队。两军相遇于干枯的奈美河Nemea河床附近，一场典型的希腊式重装步兵战争旋即爆发激战。底比斯、科林斯、阿哥斯三邦的军队在阵线的右翼击溃了他们的对手——伯罗奔尼撒同盟军，并进行了追击;但由雅典人组成的左翼却被斯巴达人击破。右翼的底比斯人追击一段后重回战场，阵型未稳，斯巴达人突然从左翼赶来，打败了他们。是役，底比斯同盟军共损失了2800人，以斯巴达为首的伯罗奔尼撒同盟军仅损失1100人。
同年晚些时候，阿格西劳斯国王终于率他的大军躲开了帖萨利人的阻截，沿陆路姗姗赶来，直奔波奥提亚。阿格劳西斯王的军队包括早先从斯巴达带走的精兵，一些解放的希洛特，以及从色诺芬万人远征军中接手的雇佣军;同时，一只斯巴达部队正徘徊于奥科迈努斯附近，还有一支则从斯巴达开出，渡过科林斯湾奔向波奥提亚。这三支大军会师于科罗尼亚，与匆匆赶来的底比斯联军发生战斗。这场战役完全是上一场Nemea战役的翻版，双方各自得左翼都取得了胜利。得胜一翼的底比斯人见到另一翼的溃败，于是整理阵型向营地撤退。但阿格西劳斯王率军迎头赶上，又截杀了一阵才罢手。
在此之后，科林斯战争就没有爆发台大规模的冲突。由于有波斯人的支援，底比斯同盟在海上占据了优势，并使斯巴达人的海上运输受到抑制，让他们不能随意的通过科林斯海峡到达中希腊;但在陆地上，底比斯人依然没有什么好的对策对付斯巴达人的陆军。同时，斯巴达人想尽办法要使离他最近的阿哥斯、科林斯两邦脱离底比斯同盟——正是他们扼守住了科林斯地峡。
这样战争一直维持着局部小冲突的状态到前388年。
这一阶段，雅典帝国在客蒙(Conon)的努力下开始了复兴，重修了城墙，着手发展海外势力(雅典第二帝国从此复兴);斯巴达人也意识到了没有波斯人的支持，这场战争他们很难取得胜利。于是，在前393年，各个城邦的使者曾在波斯宫廷内举行了一场谈判，各自声明自己的立场。斯巴达人愿意在各个城邦保持独立的情况下提供一纸合约，并向波斯人承诺承认波斯对小亚细亚沿岸各邦的主权(保持独立的含义实际上是要求解除同盟);但提案被底比斯同盟一致否决，雅典人要求保留自己在爱琴海的既得利益，底比斯人要求保留波奥提亚同盟，而阿哥斯人则已经在着手吞并科林斯的行动。
谈判没有得到进展，但雅典将军客蒙复兴雅典帝国的行动刺激了波斯人，他们暗中答应斯巴达人为其提供秘密援助——又是我们熟悉的外交手腕。可以看出无论战局如何发展，烽火连天的希腊土地中永远不会有真正的赢家，千里之外的波斯才会得到最大的利益。
此时，斯巴达得到了西西里的叙拉古舰队支持，军事实力骤增，，打破了底比斯同盟的海上优势，迫使底比斯及其盟邦妥协。公元前387年秋， 交战各邦代表被波斯召往首都苏撒，听取波斯王敕令的和约(史称“安塔西达斯和约”或波斯大帝和约)。随后，各邦代表再会于斯巴达，接受了和约。)科林斯战争结束。根据和约，所有希腊城邦均享自治，除伯罗奔尼撒同盟外的所有希腊同盟皆须解散，小亚细亚沿岸诸邦则归波斯所有，不守和约者将受到波斯大帝与其盟友的全面进攻。在斯巴达军事压力下，底比斯被迫解散了彼奥提亚同盟，阿哥斯放弃了对科林斯的兼并。科林斯恢复了贵族政权重归斯巴达同盟。斯巴达得以重新登上希腊霸主之位。
