加强盟旗机构设置
民国26年(公元1937年)10月，伪蒙古联盟自治政府成立后，为取得各盟旗王公上层的支持与拥护，加强了各盟旗的行政机构。在盟旗行政设置上，首先加强了盟的行政领导地位。在清朝，盟是各旗会盟之地，不属一级行政组织;在中华民国时期，国民政府蒙藏委员会虽制定了盟、部、旗组织法，但尚未实施。伪蒙古联盟自治政府成立后，除对锡林郭勒、乌兰察布、察哈尔(公元1936年由察哈尔改设察哈尔盟公署时，已确定为行政组织)3盟均确定为行政单位，设置盟公署外，并将原绥远省所辖的16县2设治局重新划分。将部分县划归乌兰察布、伊克昭2盟，另在原绥远东部的以农业为主的大部分县、旗，新设置了“巴彦塔拉盟”。所辖区域为：土默特、正红、正黄、镶红、镶兰5旗，及归绥(后改为巴彦县)、萨拉齐、清水河、托克托、陶林、丰镇、集宁、凉城、和林格尔、兴和10县。巴彦塔拉盟成为伪蒙古联盟自治政府所辖5个盟中，人口最多、土地资源最富庶的盟。此外，划入伊克昭盟地区是原绥西河套地区的东胜、五原、临河县及沃野设治局;划归乌兰察布盟地区是原绥北武川、固阳县和安北设治局。新设的厚和豪特、包头2市直辖于伪蒙古联盟自治政府。同时，重新任命了各盟、旗行政部门首脑，根据各盟公署报辖区域的不同，分别设立了总务(1938年秋后一律改为官房)、民政、保安、教育、畜产等各厅，并尽量任用蒙古王公上层人士担任厅长，以示笼络。调整后的伪蒙古联盟自治政府管辖区域为5盟2市。土地面积为350万平方华里，人口约250万，其中蒙古族30万人，占总人口的12%;回族3.7万人，占总人口的1.5%。
实行蒙汉分治
伪蒙古联盟自治政府对于旗县并存、蒙汉杂居的地方采取蒙汉分治的政策。土默特旗和正黄、正红、镶红、镶兰等绥东4旗同巴彦、集宁、陶林、丰镇等县，长期以来就是旗县并存的区域，在这些旗县境内多属蒙汉杂居，农牧并存。伪蒙古联盟自治政府对这类地区，实行蒙民归旗管理，汉民归县管理的分治政策。为了便于统治，对各个市、县长的安排上，多数任用汉族中的绅士富豪;而各蒙旗总管则任用蒙古族中的原官吏。
扩充盟旗武装
为加强和巩固伪蒙古联盟自治政府的统治，伪蒙疆政权加紧征兵买马、扩充和壮大伪蒙古军。并根据日本侵略者提出的“蒙古军各师一律要蒙古化”的要求，把伪蒙古军中由汉人编成的第1、2、3师改编为驻各县的伪警察队，用以镇压各地的人民群众;同时，把伪蒙古军的主要兵力部署在包头、百灵庙以及锡林郭勒、乌兰察布两盟的边境地区，以配合日本侵略军共同防御绥西地区傅作义军队的反攻，并切断中国共产党与苏联及蒙古人民共和国的国际联系。
伪蒙古联盟自治政府为加强军事实力，积极扩充各盟旗保安队。扩大编制，配备新式枪械以充实装备，派伪蒙古军官学校毕业学员充任教官，从事军事训练。扩充的各盟旗伪保安队编制如下：巴彦塔拉盟保安队编制1 000名;锡林郭勒盟保安队编制600名;乌兰察布盟保安队编制600名;察哈尔盟保安队编制1 000名;伊克昭盟因未被占领，暂未规定具体名额。各盟旗保安队按规定编制的名额，由各旗征拨壮丁、集中训练。并规定伪保安队的服装、臂章、旗帜、印信等均由伪蒙古联盟自治政府以条例颁发执行。
在汉族居民为主的各市、县，伪蒙疆政权除设有大量的警察队外，还实行了伪保甲制度和“十家连坐”法。同时，在各县、区、乡训练了大批的“自卫团”等伪地方军事力量，作为受日本侵略者驱使的统治工具。
文化教育
伪蒙古联盟自治政府成立后，为培养急需的实用人才，将原绥远省在大台什村办的农科学校，改设蒙古学院，院长郭尔卓尔扎布。民国27年(公元1938年)2月，招收学生150名，课程设置有旗务、师资、师范、电报、补习班等。为培养王公子弟，在厚和豪特市设立了蒙旗学校，直属伪蒙古联盟自治政府，校长由民政部长特克希卜彦兼。此外，在百灵庙设乌兰察布盟蒙古青年学校，苏尼特右旗设锡林郭勒盟蒙古青年学校，包头青年学校、察哈尔盟青年学校、巴彦塔拉盟师范学校。这些学校从小学入手，次及中学，并加设各种职业班次，招收学龄儿童和已失学或未就过学的青年，入学后授以普通常识，逐渐培养学习基本学科知识。
在原绥远省大会堂后设立蒙古文化馆，馆长伊德钦。下设总务、研究、博物、体育、艺术等部。吸收地方绅士郭象(亻及*)等人为馆员，从“发展旧文化、介绍新文化入手，从事蒙古文化发扬工作”。发行文化专刊，编纂小学教科书及课外读物。后将原绥远省立图书馆、民众教育馆、通态馆等统归该馆，并筹备设置印刷所。
此外，为使伪蒙古联盟自治政府的官吏“沟通日、蒙文化，领略真正东洋精神”，专为伪蒙政权及附属各机关职员，设立日蒙语文讲习所。并选派留日官员及留日官费学生赴日本留学。
军事镇压
日本侵略者把“蒙疆”地区列为“防共特殊地带”。民国27年(公元1938年)，成立了驻蒙军，隶属日本华北方面军。日驻蒙军基干兵力第26师团、骑兵集团、独立混成第2旅团共数万人，驻扎在张家口、大同、归绥、包头、丰镇、集宁、萨拉齐等平绥铁路沿线城镇。还有伪蒙古军9个师、伪绥西自治联军、伪东亚同盟军、伪保甲团等。
此外，日本特务遍布“蒙疆”地区。除在伪蒙古联合自治政府、伪蒙古军及各伪军内设最高顾问外，在政府各部门、军队各师团、各盟旗县市均设参事官、指导官、次长顾问等，不仅掌管实权，而且从事各类特务活动。甚至文化教育、金融产业部门也由日本人主持。日本侵略者设在“蒙疆”地区权力大、活动广的特务系统有：兴亚院蒙疆联络部、厚和特务机关、包头特务机关、察北特务机关、嘉卜寺化德特务机关、百灵庙特务机关。
日本侵略者利用伪蒙疆联合自治政府这一傀儡机构，对“蒙疆”地区600余万蒙汉人民进行血腥统治和军事镇压，对抗日游击根据地实行频繁的扫荡及“三光”政策，同时，推行所谓“施政跃进运动”，以维持其殖民统治。
强种鸦片
民国28年(公元1939年)6月，伪蒙古联盟自治政府成立了“蒙疆土药股份有限公司”，有计划、有组织地扩大鸦片生产，强迫农民种植罂粟，使“蒙疆”地区成为战时最大的鸦片生产基地。是年，收纳鸦片887 019两，金额331.9万元;民国29年(公元1940年)，收纳鸦片增至6 717 913两，金额6 263.5万元，纯收入达1 562万元;民国30年(公元1941年)，将罂粟种植面积扩大到911 000亩，收纳鸦片11 242 953两，金额达8 916.6万元。因此，鸦片被日本侵略者称作“黑色金子”，鸦片政策成为其“以战养战”的手段之一。日本侵略者一方面用鸦片牟取暴利，另一方面用以毒害中国人民，以此削弱中国人民的反抗力，“蒙疆”地区各族人民首当其害。同时，“蒙疆”地区生产的鸦片90%以上被输入北平、上海等中国各地。
经济掠夺
民国26年(公元1937年)11月，伪蒙古联盟自治政府设立了“蒙疆银行”，在“蒙疆”各主要城镇设立分行，大量印发“蒙疆券”，控制“蒙疆”的金融。从民国27年至民国30年(公元1938～1941年)，在“蒙疆”地区设立的日资公司达73个。通过“蒙疆公司”，“蒙疆畜产股份有限公司”、“大蒙股份有限公司”、“蒙疆兴业股份有限公司”、“蒙疆不动产股份有限公司”、“蒙疆电业株式会社”、“蒙疆制革株式会社”、“北支那开发株式会社”、“大青山炭矿股份有限公司”、“日蒙制粉股份有限公司”、“满蒙皮革工业股份有限公司”等，垄断了内蒙古西部的工商业和交通运输，疯狂掠夺各种物产资源。仅民国27年(公元1938年)，从“蒙疆”地区输出的各种物资总额即达10 839万元。此外，伪蒙疆联合自治政府还通过名目繁多的税收进行经济掠夺。先后设有鸦片税、盐税、统税、关税、田赋、契税、烟酒税、印花税、牙税、营业税、牲畜税、屠宰税、斗税、茶叶税等等。民国32年(公元1943年)，伪蒙疆联合自治政府提出“粮食就是子弹”、“羊毛就是火药”、“人力就是武力”的所谓”生产协力三大原则”，进一步加紧了对内蒙古西部地区的掠夺。
奴化教育
伪蒙疆联合自治政府统治时期，在归绥、包头、察哈尔盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟及巴彦塔拉盟设有小学校520多所;并在原归绥中学、绥远师范学校之外增设了巴彦塔拉盟师范学校等几所中学;高等学校有设在张家口的“蒙疆学院”，是“蒙疆”地区的最高学府。另外还有归绥的蒙古学院、中央警察学校、农业学院、交通学院等。学校的教育方针对蒙汉回各民族有不同要求，对蒙古族的教育方针是：1.彻底实施产业服务教育。2.彻底推行体育、卫生及宗教教育。3.日本语及其文化之彻底吸收。4.培养科学常识及改进生活习惯。对汉族的教育方针是：1.彻底实施日本教育及其精神。2.日、满、支协同体的基本精神培植。3.彻底恢复礼教，并实施产业教育的训练。对回族的教育方针是：1.除与前述相同者外，彻底实施道德教育。2.树立亲日思想，逐渐陶冶于日本教育的训练。学校的课程设置也完全按上述教育方针而定，日本语课程占有很大比重。教员不少是日本人，或者在日本人监督下教学。社会教育也是日本侵略者奴化教育的重要方面。在“蒙疆”各地普遍设立了民众教育馆、民众学校及宣抚班、爱民班、防共青年团、少女团、儿童团、妇女防共会等，大力宣传亲日防共反华。组织访日亲察
团赴日本，回来后宣传日本文明，以树立亲日思想。民国30年，(公元1941年)，伪蒙疆联合自治政府改组后，增设了弘报局、放送局，出版发行了《蒙疆新闻》、《蒙疆新报》、《蒙疆通讯》、《蒙疆日报》、《蒙文新报》等报刊，宣传伪蒙疆联合自治政府的施政方针。
