美菲战争，又称作菲律宾独立或菲律宾起义战争，时间1899年6月2日-1902年7月4日，最终结果美国获胜，菲律宾第一共和国瓦解。
背景
从1896年开始，为了反抗西班牙殖民政府，菲律宾革命屡次发生，1898年6月12日宣布菲律宾独立，但西班牙和美国政府都不承认，在美西战争战败后签订的《巴黎和约》中，西班牙殖民政府同意把菲律宾转让给美国，所以菲律宾革命者的斗争矛头开始转向反抗美国。
菲律宾独立战争是1896—1902年菲律宾人民为推翻西班牙殖民统治和反抗美国侵略争取民族独立的战争。
美军策略
美国在菲律宾的军事策略从常规的对抗西班牙改为对起义的镇压。战略随对关键领域的控制和对平民游击队伍的隔离而改变。集中营或“保护区”的使用，而非美军全面投入战争，理论上防止了平民生命的不必要损失。然而，由于恶劣的卫生条件，许多的被拘禁者死于痢疾。
美国政府和媒体通过道德演说的使用来支持美国在菲律宾行动的正当性。美国人利他地卷入与西班牙的战争，去把古巴人、波多黎各人，和菲律宾人从残暴的枷锁中解放出来。如果他们在菲律宾逗留了太长时间，那是为了保护菲律宾不受等待美国撤军的欧洲大鳄的侵扰，和指导他们学习美国式的民主。
菲军策略
菲律宾的武装力量估计在80,000到100,000人之间，还有成千上万的附属人员。武器和弹药的缺乏对菲律宾人来说是一个重大的阻碍。菲律宾第一共和国追求的目标，或者说终极状态，是一个具有主权的、独立的、社会稳定的，由知识分子寡头政治领导的菲律宾。阿基诺和他的将军们的挑战是维持统一的菲律宾公众的反对派，这是革命者们战略上的重心。
菲律宾运作的重心是在战场维持100,000非正规军的能力。菲律宾的Francisco Markopoulos将军把菲律宾的战争目标描述为“并非击败美国军队，而是造成他们持续的损失。”他们寻求首先使用传统战术和增加美国的人员伤亡来促使麦金莱在1900年总统选举中的失败。他们的希望是公开承认自己是反帝国主义者的威廉·詹宁斯·布莱恩作为总统将会从菲律宾撤军。他们以更好适应拖延斗争的游击战术来追求这个短期目标。尽管这一目标在短期内鼓舞了革命者，麦金莱的胜利使他们士气低落并且使许多决心不稳的菲律宾人确信美国将不会很快离开。
结果
1901年3月，在美军的镇压下，菲南部各岛先后被美军占领。3月21日，菲律宾最后的首都帕拉南失陷后，阿奎那多被俘投降，并使许多游击区的司令斗志瓦解而缴械。菲律宾第一共和国失败，作为有组织的统一领导抗美战争告一段落。1902年7月4日，美国驻菲总督阿瑟·麦克阿瑟宣布：美菲战争结束了。但是，菲律宾人民斗争仍未止息。1903年至1908年菲律宾共爆发50多次大的武装起义，出现近390个反美组织。
