1944年夏，美军在太平洋战场的西南和中部取得连续胜利，也让战争步步进逼离日本本土——当时的美军轰炸机已经可以直接轰炸日本了。此时，美军参谋长联席会提出了两种不同的方案来打击日本：一是麦克阿瑟将军提出的先重占菲律宾、再占冲绳并用作为进攻日本本土的跳板;海军上将尼米兹认为应绕过菲律宾、直接攻占冲绳和台湾并用作集合点，同时可成为以后进入中国大陆和攻击日本南端岛屿的跳板。 双方最后吵到联席会议马歇尔那里，麦克阿瑟向马歇尔陈述意见，指出：绕过菲律宾直接进攻台湾是不可取的，台湾不同菲律宾，已经在日本统治下将近半个世纪，当地人未必会像菲律宾人那样支持美军，而且美国在道义上有义务解放1700万亲西方的菲律宾人民和关押在巴丹半岛的数万名美军战俘。他强调：如果绕过菲律宾就等于承认日本散布的关于美国已经抛弃菲律宾，不愿牺牲美国士兵的生命来解救菲律宾人民的谣言，这对美国在远东地区的声望和影响将是极其不利的。
马歇尔认为麦克阿瑟这么强烈要求进攻菲律宾的一个重要原因是为了实现他在1942年撤离菲律宾时所许下的一定要重新夺回菲律宾的誓言，因此提醒他，不要让个人感情超越早日结束战争的战略目标，并表示绕过菲律宾并不是抛弃菲律宾，早日打败日本同样可以使菲律宾早日获得解放。
虽然路线有所不同，但两种方案里都不约而同的出现了贝里琉岛的名字。而美军第一陆战师业已被任命为进攻部队。为了平息分歧，美国总统罗斯福亲自飞赴珍珠港与两位指挥官见面，一同探讨进军方案。罗斯福此行的真正目的是为了在日益临近的大选前夕，笼络被很多美国人认为是英雄的麦克阿瑟，为大选赢取得分。经过与麦克阿瑟和尼米兹的磋商，最终确定在进攻台湾之前先占领整个菲律宾。罗斯福返回美国之后发表了简短的讲话，宣称与麦克阿瑟将军的意见完全一致。这个信号再明白不过，菲律宾战役为时不远了。但就在麦克阿瑟准备重占菲律宾之前，为了确保右翼的安全，美军决定把帕劳群岛——特别是贝里琉岛和昂奥尔岛——定为必须攻克的战略要点。这种想法在发动贝里琉岛战役之前就遭到很多人的质疑，而后来的一些人甚至认为攻占贝里琉岛完全没有必要。
德军在库尔斯克战役失败的消息传来，日本大本营里一片焦虑，参谋本部里日军海军与陆军将领更是互相指责乱成一团，海陆互相指责一通后，总算又坐了下来，开始研究下一步的行动部署，一致认定，1944年情况下稳定太平洋战线的任务是日本的作战重点，日本的作战已经完全指望不上别人了，只能依靠自己的力量去完成。因此，陆军要立即结束关特演，抽出兵力加强本土与南洋地区作战力量，预防美军在南洋地区的全面反扑以及对本土的袭击，日军决定从满洲关东军抽回足够22个会战的弹药量加强本土防御，并抽出一些精锐部队回防，加强本土的新部队编成能力;对南洋战场，日军决定在1943年底-1944年下旬以前向南洋增兵100万，并提供南洋军足够的弹药、兵器以及其他作战物资。
由于日军陆军兵力实际并不足够抽出那样多的精锐部队前出南洋，日本海军也没有足够的护航力量护送那样多的运输船只满载部队弹药南下，日军只得采取分批分重点运输方式向南洋派兵，日军把南洋战区分成3个防卫圈，外环防御圈是重点防御圈，尤其以特鲁克岛、拉包尔、荷属东印度群岛东部为重点中的重点，向该地区派遣的部队为齐装满员携带重型武器的精锐部队，至于中环防御圈，派遣轻型部队给予加强，部队的重型武器以及兵力都给予精简。至于内环地区主要派遣只有象征性重武器由新兵与若干老兵骨干组成的架子部队去加强。这样派遣南洋的大部分日军部队，由于并不需要重型装备与大量作战物资就大大节约了船只的需求量，减轻了海军的护航压力以及海运能力的压力。例如、日军输送到外环的精锐部队，1个师团连同装备物资至少需要45艘运输舰输送，而输送到中环的1个轻装师团只要12-16艘运输舰就够了，至于输送到内环的1个架子师团连人带装备竟只要6艘运输舰就可以完成。
日军的如意算盘是，用外环精锐部队重创美军，并使美军在印度尼西亚以及拉包尔陷入长期大战，使海军与后方的陆军获得充分休整的机会。日军确信，在1947年以前，美军都无法完全攻陷外环中的重点区域，这样日军就有充分的时间加强中环，经过一段时间后，即可以由中环派遣强力部队增援外环作战，也可以使外环部队收缩到中环建立军更强的防御线，而内环的部队经过这些时间，缺乏训练的新兵也成了老兵，架子部队也成了充实部队，可以作为预备决战部队，给予经过外环重大消耗的美军致命一击。自然在本土，日军利用留在本土的精锐部队以及大量重型武器做骨干，有一定时间就可以武装出成群的新精锐师团，而海军的舰队经过充分的休整就又了再次决战决胜的把握，这样日本就可在很难被击败的地位，美国将会动摇继续战争的决心，从而让日本得到一个有利的战争结局。
到了1944年初，日军向印尼以及拉包尔派遣强力部队的部署已经完成，开始向中环内环派兵，此时日军因感觉精锐兵力备份不足，加上认为美军会首先攻打印尼东部，依托澳大利亚为基地，从东部推进逐步占领爪哇控制那里的油田，而印尼东部已有足够的强力部队，外环防御已经坚固，所以加强中环并不急迫，派往中环的部队也大部分都成了架子部队，而不是原来计划的比较精锐的轻装部队，派往马来西亚以及印尼西部岛屿的部队基本都是由缺乏训练的新兵组成与派往菲律宾的没区别，更无什么重装备。
不过在中环与内环间有2个重要岛屿一是帕劳群岛、一是马里亚纳群岛，需要派遣比较强力部队防御，但日军因要发动大陆打通作战，所以一时抽调不出2支精锐部队，精锐部队中只有第14师团可以抽出，所以第14师团派驻哪里就成了问题。日军由于正在帕劳群岛修筑了一个大型机场，此外联合舰队已经收缩到了菲律宾，在塞班的基地已经空了，所以最后决定把第14师团抽调到帕劳群岛，帕劳群岛在一战以后就为日军取得，有一个良好的深水港，可以停泊大型舰队，此外该群岛日军还在修筑一个南洋最大的机场，地理位置十分重要是联系塞班与菲律宾的重要枢纽，所以日军决定派遣第14师团驻守帕劳也在情理之中。
日军第14师团是常设师团，在满洲接到移防帕劳的命令，并进行了轻装化准备，将大量重型装备转运回了本土，按照海洋机动师团编制重新编成，与同样转为海洋师团的第29师团以及打发到菲律宾的那些所谓常设师团不同，第14师团出击南洋的序列并非由少数骨干士兵加上大量的新动员兵组成，全部还是由原本的士兵与军官组成，步兵单位毫无变化，是名副其实的精锐部队，不是真实主力已经抽出，只能吓唬人的空架子师团，当然转为海洋师团后，第14师团的火力部队被抽回了本土不少，对战斗力是有一定影响的。
1944年4月，转为海洋师团的第14师团13000多官兵乘坐16艘运输舰，在驱逐舰严密保护下全部平安抵达帕劳群岛，第14师团登陆帕劳后伙同当时已在帕劳群岛布防的海军与陆军部队汇合，接管了帕劳群岛的防御指挥权开始备战布防，当时帕劳群岛除了第14师团以外陆军还部署有1个海上机动旅团(也是轻装部队)，该旅团为海上机动第1旅团，此外海军也部署有1个设营队、2个航空队、1个基地警备特别陆战队、此外还有10000多名韩国民工组成的工程队用于构筑工事。
第14师团接管帕劳群岛防御后将师团主力以及海上机动第1旅团部署于主岛，将第14师团的步兵第2联队与海军的第45基地警备特别陆战队部署于距离主岛50多公里的贝里硫岛，此外还有1个步兵大队部署昂格尔岛，日军只布防3个岛屿，其他岛屿太小，没有什么价值就懒得管了。帕劳群岛日军真正的防御重点是主岛巴伯尔土阿普岛与佩里硫岛，因为这2个岛都有大型航空基地，至于昂格尔岛也有修筑机场的条件所以日军也部署了1个大队。
精锐的第14师团布防帕劳后，开始积极进行备战训练，日夜不停地在各岛屿全面进行测量与攻防演习，熟悉地形环境，并利用韩国民工组成的工程队大量构筑防御工事，在昂格尔岛日军派驻了700多名韩国民工修筑工事，在贝里琉岛部署了3000多名韩国民工修筑工事，在巴伯尔土阿普岛有8000多韩国民工修筑工事。日军在帕劳虽然是积极备战，但并无真的会在帕劳群岛与美军干一仗的想法，普遍认为战争遥远的很，不过是训练外加熟悉南洋作战环境而已。日军第14师团的官兵认为，日后很可能是会去增援外环日军，并在外环对美军展开激战。
然而1944年6月美军蛙跳过日军外环，直取塞班，由于塞班日军缺乏准备，弹药与部队不足，加上在战斗初期盲目轻敌，最后失败，随后关岛的架子货日军也被打垮，美军登陆部队虽然也遭到了严重损失，但由于在短时间就打下了马里亚纳群岛，获取了直接攻打日本本土以及破坏日本内防御圈的重要基地，并重创了由于塞班危急而仓促出击的日本海军联合舰队，士气大振。而日军战前制定的由外而内逐层抗击，消耗美军的计划彻底落空，至此太平洋战局急剧恶化，帕劳群岛已在美军兵锋之下。
美军夺取塞班后，美军就可以选择直接攻打日本本土或冲绳也可以选择攻打菲律宾或台湾，根据日军的判断，美军直接攻击日本本土或冲绳的可能性不大，美军最可能的是首先攻打菲律宾与台湾，然后直接攻击日本本土。同时日军大本营也对菲律宾与台湾的防御做了判断，日军认为菲律宾驻防的日军大多是架子部队，短时间内没有什么战斗力，根本无法确保菲律宾，如果美军攻打菲律宾，当地日军没有丝毫可能抵抗美军的进攻。至于台湾的防御力量则较为充足，如果美军攻击台湾，那么台湾驻军是有把握使美军遭到重创陷入长期血战的。
日军同时判断，美军在塞班作战中地面兵力也受到了严重损失，需要休整与增援补充，如果美军发动对菲律宾或台湾的登陆战役，最早将在9月发动。而菲律宾的驻军缺乏训练与装备，要具备足够的战斗力起码要等到1945年3月以后，因此如果美军在1944年发动菲律宾战役，那么日军必败。
第14师团对自身的防御也做了评估，第14师团经过测算推演认为，美军要真登陆帕劳群岛，以师团现有战斗能力在孤立无援情况下，虽然没有确保帕劳的把握，但与美军干上2-3个月是不成问题的。日军第14师团在帕劳群岛的弹药不是很充足只有半个会战份，但主岛粮食供应不成问题，足够6个月使用，日军第14师团的参谋部门认为，师团的官兵训练有素，作战经验丰富，枪法精湛，精锐无比，只要注意节约使用弹药用半个会战份的弹药打3个月是可以的，认为主岛至少可以与美军干3个月不沦陷，贝里硫岛因是荒岛粮食不多而且水源稀少战斗打响后难以确保水源，所以坚持不了太长时间，但最少也能与美军干上1个月。日军第14师团上下确信只要美军敢来帕劳登陆，必然撞个鼻青脸肿，即使师团最终覆灭也会让美军遭到难以承受的重创。
日军从所罗门群岛、马绍尔群岛和马里亚纳群岛的失败经验中总结出了一套全新的反两栖作战岛屿防御方案，他们放弃了早期的海滩周边防御和鲁莽的“万岁冲锋”，采取将岛屿地势复杂化的蜂巢式系统建构内岛防御链，将一味的猛打猛冲变成了对美军的持续消耗战。中川州男更是利用崎岖的地形，建筑了一套由加强掩体、山洞和地道等方法共同组合而成的复合式防御系统。
日军的主要防守工事设在贝里琉岛的制高点—— Umurbrogol山——一座完全由丘陵和悬崖峭壁构成的小山。在Umurbrogol山的山顶可以看到岛上大部分区域，也包括小岛南边的机场。Umurbrogol山上有500多个石灰石山洞，彼此之间还有通道相连。这些山洞多为矿洞，继而被日军利用并修筑成防御工事——工兵在洞口安装了滑动式装甲铁门，用于架设大炮和机枪。同时日军还在山上的其他工事处安放了81mm和150mm迫击炮、20mm双联机关炮，并配备了反坦克和防空小分队。为了防御火焰喷射器和手榴弹，日军驻守的山洞入口通道都是向上的斜坡。这些山洞和碉堡组成了一套巨大的、遍布整个贝里琉中央地区的防御系统，很有利于日军战术撤退和重占这些区域，并很好地巩固了日军的防线。
日军在滩头也不忘把地形优势利用殆尽。贝里琉岛北部尽头有个9.1米高的海岬，正好俯览下面的登陆滩头——这里后来被美军称作“点”。就在这块小小的海岬上，日军架设了一门47mm反坦克炮和6门20mm双连机关炮，并堵上入口，仅留一条作为机枪口的狭小缝隙。日军还在3公里外的另一处类似地形上建造了同样的工事。同时，日军还在整个滩头上埋下了数千枚地雷和重型炮弹，这些修改过引信的爆炸物只要有人或装甲车辆在上面走过就会爆炸。 最后，日军在滩头上留下了一个大队抵抗登陆的美军，但实际上他们的主要工作就是延缓美军的登陆速度、并把他们引到岛内日军的防御工事前。
美军对帕劳群岛的登陆计划是1944年9月15日动用陆战1师与陆军第81师共42000兵力，首先登陆贝里硫岛与昂格尔岛，计划用2天时间彻底占领这2个岛，并在10月登陆帕劳主岛巴伯尔土阿普岛，并在10月15日以前完全控制整个帕劳群岛。这是个非常乐观的计划，美军认为日军部队就那么一点，而且是轻装部队火力有限，不会对美军构成大的阻碍，误以为帕劳的第14师团与他们在关岛碰到的架子师团是同样类型的部队，结果战斗打响后美军在贝里硫被日军狠狠扇了个大耳光，使这个乐观的计划变成了个笑话，最终攻打帕劳主岛的计划也不了了之。
不过美军的登陆帕劳计划却险些流产，在9月初期，美军出动陆军重型轰炸机以塞班为基地配合海军的舰载机对菲律宾以及帕劳进行狂轰滥炸，海军的哈尔西将军通过轰炸以及空中侦察报告得出一个结论，他认为菲律宾地区日军的兵力以及防备都十分虚弱，根本就没有必要去登陆帕劳，直接攻击菲律宾就能成功，因此他提出1个方案直接攻打菲律宾跳过帕劳，而海军的尼米滋将军则坚决反对哈尔西的方案，他认为帕劳地理位置重要，夺取帕劳为基地向西可以攻击台湾，向北可以攻击日本本土，向南可以攻击菲律宾，而且帕劳群岛有设施完善的良港，不夺下来日后可能会成为日本联合舰队残余逃避打击藏匿的避风港。这两人谁也说服不了谁，最终参谋联席会议下了最后决定，不攻击帕劳，直接攻打菲律宾。
但不攻打帕劳的电报晚到了48小时，美军登陆帕劳群岛的航空准备已经发动，美军的舰队已经开始炮击帕劳群岛的昂格而岛与贝里硫岛，美军登陆部队早就已经登船并已经航行到了帕劳群岛附近，麦克阿瑟也来不及取消登陆命令了，因此尼米滋决定按原计划登陆帕劳群岛。
