结果使农田当中的害虫几乎没有天敌，而让次年的粮食严重歉收，发生极为严重的饥荒问题。不久后，包括郑作新在内的很多鸟类学者通过野外研究，证实了在麻雀的食谱中，人工种植的谷物仅占不到50%的比重，他们的研究成果甚至发表在中共中央的机关报《人民日报》上，这是绝无仅有的。
他们强烈的反对意见终于得到了中科院的支持，1959年11月27日，中国科学院党组书记张劲夫，综合生物学界的意见，写了一份“关于麻雀问题向主席的报告”，并经胡乔木转报毛泽东。这份附有大量科学依据和分析的报告终于打动了毛泽东。
毛泽东在1960年3月18日他起草的《中共中央关于卫生工作的指示》中明确提出：“麻雀不要打了，代之以臭虫，口号是‘除掉老鼠、臭虫、苍蝇、蚊子’。”至此，科学家们不屈不挠地要求为麻雀“平反”的目的已经达到，或者更加直捷地说吧，毛泽东已经承认了他当初提出的消灭麻雀的错误，并亲自为麻雀平了反。
不过，同年4月6日，某领导在二届人大二次会议上所作的关于农业问题上的报告中，对这一问题的“说法”又十分委婉：“麻雀已经打得差不多了，粮食逐年增产了，麻雀对粮食生产的危害已经大大减轻;同时林木果树的面积大大发展了，麻雀是林木果树的天敌。因此，以后不要再打麻雀了。”
4月19日，这一包含修正后“除四害”的《农业发展纲要》四十条，正式提请 中华人民共和国第二届全国人民人民代表大会第二次会议讨论通过，向全国公布。从“承受不起麻雀造成的粮食损失而轰麻雀”到“全面权衡利弊、宁可遭受粮食损失也要容忍麻雀” ，最后还是肯定了麻雀的作用，改变了“轰麻雀”的做法。
