后醍醐天皇，为日本镰仓时代后期、南北朝时代初期第96代天皇，南朝初代天皇，讳尊治(たかはる)。后宇多天皇的次子，母谈天门院藤原忠子。在德治三年(1308年)持明院统的花园天皇即位时，尊治亲王被立为皇太子。在文保二年(1318年)因为花园天皇让位之故以三十一岁的壮年登基，同年阴历3月29日(4月30日)即位。
镰仓幕府结束后实施建武新政，由于足利尊氏的反叛而南狩大和吉野，建立南朝政权(吉野朝廷)。
在德治三年(1308年)持明院统的花园天皇即位时，尊治亲王被立为皇太子。在文保二年(1318年)因为花园天皇让位之故以三十一岁的壮年登基，同年阴历3月29日(4月30日)即位。
即位后的3年时间里由父亲后宇多法皇开设院政。根据后宇多法皇的愿望，后醍醐天皇将哥哥后二条天皇的遗子邦良亲王立为皇太子;并将自己的儿子降为亲王，否定了其皇位继承权。
这引起了后醍醐天皇的不满，同法皇发生了矛盾。这也引起了镰仓幕府的不满，最终元亨元年(1321年)后宇多法皇的院政被废止，后醍醐天皇亲政。失去法皇这一保护伞的邦良亲王后来也没能即位。
倒幕
虽然镰仓幕府在1274年和1281年两次成功抗击元朝的入侵，但受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致了武士对幕府的不满日益增高。后醍醐天皇积极筹备倒幕计划。
正中元年(1324年)，镰仓幕府发现了后醍醐天皇的倒幕企图，责令六波罗探题将天皇身边的日野资朝等人处分，史称正中之变。镰仓幕府不知该如何处置天皇，但天皇此后更加深了倒幕的意志，同醍醐寺的文观、法胜寺的圆观等僧人亲近。
元德2年(1329年)假借为中宫安产祈祷为由，暗地里为征讨关东祈愿，并拉拢兴福寺、延历寺等寺社势力的关系。但大觉寺统的贵族大多支持邦良亲王，而持明院统的贵族则支持镰仓幕府，后醍醐天皇陷入了孤立状态。而且邦良亲王病死后，镰仓幕府指定持明院统的量仁亲王为皇太子，后醍醐天皇的皇位岌岌可危。
元弘元年(1331年)后醍醐天皇再次计划倒幕，但被身边的吉田定房告发;后醍醐天皇携带三神器逃出京都，以比睿山为据点，举兵讨幕。但最后被包围在了笠置山(今京都府相乐郡笠置町内)。幕府以绝对的兵力优势攻陷了该城并逮捕了天皇。这就是元弘之乱。
流放和复归
镰仓幕府将策划倒幕的后醍醐天皇废黜，拥立持明院统的量仁亲王即位，是为光严天皇。而镰仓幕府则商议，以承久之乱中策划倒幕的后鸟羽上皇被流放隐岐岛之事为先例，将后醍醐天皇本人也流放到了隐岐岛。次年后醍醐到达隐岐岛。
但是当时倒幕的势力，如护良亲王、河内国的楠木正成、播磨国的赤松则村(圆心)等人，活跃于日本各地，纷纷表示效忠于后醍醐。元弘三年/正庆二年(1333年)后醍醐天皇在名和长年等人的帮助下逃离隐岐岛，逃至伯耆国船上山(今鸟取县东伯郡琴浦町内)举兵讨幕。
镰仓幕府的执权北条守时派遣足利高氏(即后来的足利尊氏)前往征讨，但足利高氏却倒向了后醍醐一方，攻陷了幕府的六波罗探题。此后新田义贞在东国举兵，攻陷镰仓，北条氏和镰仓幕府一起灭亡了。
建武新政
回到京都的后醍醐天皇不承认光严天皇皇位的合法性，尊之为上皇，剥夺了他所有权力。同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职。这就是历史上的建武新政。同时废去了邦良亲王遗孤康仁亲王的皇位继承权，将自己的儿子恒良亲王立为皇太子。
建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇专制政权。而且其激进的改革、恩赏的不公平、朝令夕改的法令和政策以及对贵族、大寺社、武士等较大势力集团权利的侵害，最终导致了新政的失败。公卿们也对新政持冷漠态度，著名的二条河原落书就对新政的无能进行了批判。同时，征夷大将军护良亲王在倒幕中功勋卓著，但在足利尊氏的谗言下，被天皇放逐到了镰仓。
足利尊氏的反叛
建武二年(1335年)，足利尊氏借镇压中先代之乱的契机前往东国，镇压成功之后在镰仓自行封赏有功的将领，与新政对抗。
后醍醐天皇命新田义贞前往征讨，义贞在箱根竹之下之战中败北，尊氏迫近京都。但随后楠木正成、北畠显家在京都击破尊氏，尊氏逃往九州岛。翌年足利尊氏在九州站稳了脚跟，得到了光严上皇的院宣，再次迫近京都。
楠木正成建议同足利尊氏谈判，同时迁都以疲敌军，但被后醍醐天皇拒绝了。新田义贞、楠木正成一起讨伐尊氏，在凑川之战中战败，正成战死，义贞逃回京都。
南北朝时代
足利军入京后，后醍醐天皇逃往比睿山抵抗。足利尊氏建议达成和解，后醍醐天皇将三神器交出。尊氏让光严上皇开设院政，并由持明院统的光明天皇即位，制定建武式目，开设室町幕府。
后醍醐天皇从幽禁地花山院中逃出，声称交给足利尊氏的三神器是赝品，自己本人逃到了大和国的吉野(今奈良县吉野郡吉野町)，开设南朝朝廷，从此开始了日本的南北朝时代。
后醍醐天皇让新田义贞奉尊良亲王和恒良亲王前往北陆;怀良亲王为征西将军，前往九州;宗良亲王前往东国;义良亲王前往陆奥。向各地送出皇子镇守，与北朝和室町幕府对抗。
延元四年/历应二年(1339年)八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王(后村上天皇)，翌日遗言"讨灭朝敌、夺回京都"，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁(满50岁)。
摄津国住吉行宫的后村上天皇，命令南朝下属的住吉大社宫司津守氏在庄严净土寺为后醍醐天皇举行大法要。同时足利尊氏为了吊唁后醍醐天皇，在京都建立天龙寺。
