新中国成立后百废待举，发展重工业又是毛泽东、周恩来重点要解决的问题。派谁去主持重工业部的工作?他们考虑了许多人选，都因为这样或那样的问题而不满意。最后中央决定任命陈云去担任重工业部部长、由何长工任第一副部长。毛泽东在拍板时说，何长工有那么一股干劲，在东北军工部干得不错，有贡献，就由他任副部长。陈云当时是政务院副总理，中央财政委员会主任，全面抓经济建设，忙得不可开交，他就请示中央，由何长工以代部长的名义进行工作，领导重工业部的工作实际上就落在何长工的肩上。
(一)
我国的重工业十分落后。重工业部成立后，何长工主要抓了几件事：首先，抓恢复生产和恢复性建设，通过企业的民主改革，把官僚资本的旧企业改造成社会主义企业。其次，为重工业的发展进行规划设计。他提出要建立武汉钢铁厂，得到周恩来等中央领导的支持。再次，聘请和培养管理和技术人员，请苏联专家帮助和指导编制计划，制定企业管理条例、规程用以指导钢铁、机械、汽车等工业的生产技术工作。他积极支持并建立了新中国第一所高等国防工业大学———北京工业学院。最后，为制定全国重工业第一个五年计划作准备工作。这些都是具有开拓意义的工作，在中国重工业发展史上留下了永恒的一笔。
当时重工业中包括了航空工业。而中国的航空工业是一片空白。历史的、现实的原因深深地刺痛了何长工。
何长工在一次中央财政委员会会议上提出了要发展自己的航空工业的想法，得到了陈云、李富春和薄一波等同志的支持，但事关重大，他们表示要请示毛泽东和周恩来后才能最后决定。何长工又向周恩来汇报，得到周恩来的支持。周恩来向毛泽东谈起何长工发展航空工业的想法时，毛泽东说：”何长工这一炮放得好啊!应该早点抓。”就这样，发展航空工业的大战略就定下来了。
1950午12月，在周恩来的主持下，组成了由何长工任团长的赴苏联谈判代表团，准备到苏联去谈判，请求他们支持中国发展航空工业。为了搞好谈判，周恩来亲自指挥。他对何长工语重心长地说：”中国航空工业的建设必须从中国的实际出发，我们是先有空军，而且正在朝鲜作战，大批飞机需要修理;我们又是大国，靠买飞机、光搞修理是不行的，因此，中国发展航空工业的方针应当是先搞修理，后搞制造，再自行设计。”周恩来叮嘱何长工，这次赴苏联谈判一定要谦虚谨慎，规模搞得小些，主要解决修理的需要，保证朝鲜战场作战。这是因为我们刚刚建国，还很穷，搞大了没有力量。我国的航空工业没有基础，谈判时原则上依靠他们，一定要争取苏联帮助我们把航空工业建立起来。何长工问周恩来：“我这个团长权力有多大?”周恩来回答说：“你是全权代表，你说的话算数。”
带着特殊的使命，何长工率领代表团飞赴莫斯科。何长工受到苏方高规格的接待，但他没有陶醉。一场艰难的谈判在表面上轻松的情况下开始了。
苏联谈判团的领导是大名鼎鼎的苏共中央政治局委员、外交部长维辛斯基。他没有把何长工放在眼里，对何长工说，中国没有一点工业基础，连飞机轮胎都不能造，怎么谈得上建设航空工业。何长工不卑不亢，用英语、法语同维辛斯基争辩。这倒引起了维辛斯基的注意。他问何长工是哪一个军事学校毕业的。何长工自豪而又有些调侃地说：“我是游击大学毕业的，是毛泽东战略大学毕业的，读了22年，中华人民共和国成立才领到一张文凭。”
从何长工的言行举止中，维辛斯基感觉何长工不是一个好对付的人。何长工的确不好对付。在争论中，他提出要给斯大林打电话。维辛斯基感到非常惊讶，问何长工为什么要给斯大林打电话。何长工说：“第一，斯大林把希特勒消灭了，我向他表示致谢和祝贺。第二，我问候他身体健康。第三，我告你
的状!你是个爱国主义者，不是一个国际主义者。你耍两面派，你又赞成，又反对，赞成的成分少，反对的成分多!”何长工的一席话对维辛斯基刺激很大，他说：“向斯大林告我的状，我还没见到过。我接见的代表团中你是最‘凋皮’的了!”何长工说：“我还是‘中等调皮’的，‘大调皮’的还没来。”何长工据理力争，使维辛斯基转变了态度，为谈判取得胜利奠定了基础。经过18天的艰难谈判，最后达成协议，何长工代表中国政府在协议上签字。
(二)
1952年8月，何长工被任命为地质部副部长。这又是对何长工的考验。
地质部是一个新成立的部门。部长由李四光担任。李四光是国际知名地质学家。党中央派何长工去，其中重要的原因是要他多做一些地质部的日常工作，以保证李四光有一定的时间从事科学研究工作。何长工到任后砍下三板斧。
第一板斧就是抓干部。地质部建部前后，全国新老地质人员一共才300来人。这就是全部骨干，搞地质少了他们不行。这是何长工的第一印象。第二个印象是这一点干部离实际需要实在差得太远。第三个印象是，这些人，过去搞地层、古生物和一般地质构造的调查，从事研究工作的居多数，做过矿产勘查的，只是很少一部分人，而且还只限于地表观察。面对这种情况，何长工把眼光投向老干部队伍和大中专毕业生，不断扩大队伍，同时，大力抓正规学校的建设、举办各种专业短训班等。
第二板斧是抓设备。旧中国连最简单的地质罗盘都不能生产，更谈不上制造钻机和精密的物理探矿仪器。新中国成立之初，地质设备主要是从苏联进口，这解决了燃眉之急，但不是长久之计。
何长工作为主管日常工作的副部长，心里特别着急，他对供应司的领导说：“供应司不能光管供应一般材料，要做到：一是供应地质勘探的设备，要自己搞设备，靠自己生产;二是供应生活用品，这一点是地质工作特点所决定的，地质工作者常年跋山涉水，在野外作业，没有一定的生活装备保障，不能克服艰苦环境所造成的困难，队伍的巩固和发展就有困难。”
为了解决地质设备生产，何长工借鸡下蛋，找老战友吕正操，把铁道部在张家口的一个铁路工厂划到了地质部;找湖南的张平化，把衡阳机械厂划归地质部。他还采取同样的办法从别的地方借厂，到1966年，仅地质部直属的工厂就有11家。
第三板斧就是抓科研。何长工说他是从旁“大声疾呼”，但实际上他在其间不仅仅是敲敲边鼓，而是发挥了十分重要的作用。在他和同事的努力下，地质科研工作从零起步，一步一个脚印，到1966年地质部所属的科研院所发展到16家，此外还建立了地质资料馆，地质博物馆和地质图书馆。
通过努力，地质工作出现了前所未有的好局面。何长工在自己的回忆录中用数字来说明地质工作的伟大成就：全国地质系统的职工由1952年底的6400多人发展为20万人，其中大中专以上程度的技术人员占1/4以上。到1966年，为全国探明储量的矿种为103种，打破了中国“贫铁、缺铜、少油”的定论，为中国经济的发展作出了巨大贡献。
从枯燥的数字中我们可以看到何长工那颗火热的心，他曾经在江汉平原指导石油地质勘探时说过：“打不出油来，我只好去跳长江!”当在江汉平原钻出油来时，他发自内心地向地质工作者说了一声”谢谢”!
尽管何长工在去地质部工作时说过，因为脚伤不能爬山，但是，他到任后，地质部重点勘探的矿山，他基本都去过。
(三)
1966年开始的“文化大革命”，使全国陷入了一片混乱。早年参加革命，驰骋疆场的何长工被戴上了“走资派”的帽子。对这一点何长工始终没有想通。运动开始时，他想去适应运动，但是没有想到运动会搞到自己头上。
无休止的批斗使何长工感到十分委屈。但是一些不知名的同志暗中保护他，又使他感到欣慰。
1969年4月，何长工等人被送到北京市清河地质部农场“劳动改造”。11月，又被送到江西峡江县地质五七干校“改造”，这时何长工已是69岁的老人了。繁重的体力劳动严重地损害了他的身体。不久后，经周恩来批准，何长工回到北京治病。正在这个时候，发生了“九一三事件”，中国的政治形势出现了转机。何长工不失时机地给毛泽东和周恩来写信，要求彻底推翻强加在自己身上的不实之词，重新为党工作。1973年毛泽东指示，何长工的历史是清楚的，中央也是了解的，他没有历史问题。这对何长工来说，是一件值得安慰的事，但是当时的政冶气候是乍暖还寒，他的问题并没有得到完全解决。
1975年4月，何长工给主持中央日常工作的的邓小平写信。邓小平过问了何长工的事。这一年的五一国际劳动节，何长工收到了游园联欢的请柬。
这已经是迟到9年的请柬了。何长工接到请柬，心中有说不出的滋味。
何长工最大的心愿是要为党继续下作。现在年岁也大了，做其他工作已经力不从心了，他考虑到自己过去长期从事军事教育工作，就写信给毛泽东要求去做军事教育工作。毛泽东接信后批示同意他去军政大学工作，11月下旬，中央军委任命何长工为中国人民解放军军政大学副校长。这时的何长工已是74岁的老人，重新穿上了军装。1980年他当选为第五届全国政协副主席，1982年被选为中共中央顾问委员会常委。
毕竟年岁大了，何长工要让路给年轻入，他三次请辞：第一次是请求从军事科学院副院长的岗位上退下来;第二次是辞去全国政协副主席职务;第三次是请求辞去中央顾问委员会常委职务。
中央接受何长工的请求，他离职了，但他没有休息，他要把自己一生的经历记录下来，作为教育下一代的材料。1987年12月，何长工在北京病逝。
